PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
提供元による説明（英語）
PerlPrimerとは
PerlPrimerは、Owen Marshallが公開しているオープンソースのWindows向けソフトです。
インストールと動作環境
公式インストーラーは32ビット向けにEXE（NSIS）形式で用意されています。メインのインストーラーのサイズは3.4 MBです。インストールには管理者権限が必要です。インストーラーは無人（サイレント）インストールに対応しています。
人気と対応ファイル形式
Windowsでは1種類のファイル形式に関連付けられます（.pprなど）。
メリット / デメリット
メリット
- オープンソースで、誰でもコードを確認・ビルドできる
- サイレントインストールの方法が公開されている
- ダウンロードサイズが小さい（3.4 MB）
デメリット
- ネイティブのARM64版がない
- 32ビット版のみ
- インストールに管理者権限が必要
- 1年以上更新されていない
まとめ: PerlPrimerは、オープンソースのWindowsソフトです。32ビットのPCで使えます。更新のペースは落ちています。管理者は無人インストールで一括配布できます。
PerlPrimerのダウンロードは安全ですか？
- ファイルは提供元のドメイン（sourceforge.net）から配信されています
- ダウンロードリンクはHTTPSを使用しています
- SHA256ハッシュが公開されているため、ファイルを検証できます:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· このハッシュのVirusTotalレポートを開く - 前回の確認（2026年10月22日）でリンクは応答しました
- ソースコードは公開されています
- ExeAtlasはインストーラーのホスト、ラップ、改変を行っていません
関連ガイド: SHA256ハッシュの確認方法（Windows）
最近のバージョン
全1バージョン ›| バージョン | 日付 | サイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| 1.1.21最新 | 2011年11月21日 | 3.4 MB | 32ビット EXE（NSIS） |
コマンドラインでインストール
サイレントインストール ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /S関連ガイド: wingetの使い方：アプリのインストールと更新
情報
- 提供元
- Owen Marshall
- ライセンス
- GPL-2.0-or-later
- 価格
- 無料
- 動作環境
- Windows 11 / 10
- アーキテクチャ
- 32ビット
- インストーラー
- EXE（NSIS）
- バージョン
- 1.1.21
- リリース日
- 2011年11月21日
- カタログ追加日
- 2025年8月2日
- 掲載バージョン数
- 1
- 公式サイト
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
対応ファイル形式 (1)
評価とレビュー
まだレビューはありません。最初の評価を投稿してください。
よくある質問
PerlPrimerは無料ですか？
はい。PerlPrimerはオープンソースのソフトです（GPL-2.0-or-laterライセンス）。
PerlPrimerのダウンロードは安全ですか？
ファイルはsourceforge.netから配信されます。sourceforge.netは提供元のドメインです。ExeAtlasはファイルをホストしておらず、改変もしていません。ダウンロードしたファイルのSHA256をこのページに記載の値と照合するか、そのハッシュのVirusTotalレポートを確認してください。
PerlPrimerをwingetでインストールするには？
PowerShellかWindowsターミナルを開き、このページに記載のwingetコマンドを実行します。wingetは公式インストーラーをダウンロードし、実行前にSHA256ハッシュを検証します。
PerlPrimerはサイレントインストールできますか？
はい。サイレントインストールのページに、インストーラーごとのコマンドを掲載しています。
PerlPrimerはARM版Windows（Windows on Arm）で動きますか？
ARM64版はありません。Windows 11 on Armでは、エミュレーションによって32ビット版を実行できます。