PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
प्रकाशकको विवरण (अङ्ग्रेजी)
PerlPrimer के हो?
PerlPrimer Windows का लागि Owen Marshall को एउटा ओपन सोर्स प्रोग्राम हो।
इन्स्टलेसन र सिस्टम आवश्यकता
३२-बिट का लागि आधिकारिक इन्स्टलर उपलब्ध छन् (EXE (NSIS))। मुख्य इन्स्टलरको साइज ३.४ MB छ। इन्स्टल गर्दा एडमिनिस्ट्रेटर अधिकार माग्छ। इन्स्टलरले कुनै प्रश्न नसोधी (साइलेन्ट) इन्स्टलेसन सपोर्ट गर्छ।
लोकप्रियता र फाइल प्रकार
Windows मा यसले १ फाइल प्रकार दर्ता गर्छ, जसमा .ppr पर्छन्।
राम्रा पक्ष / कमजोरी
राम्रा पक्ष
- ओपन सोर्स: जो कोहीले यसको कोड हेर्न र बिल्ड गर्न सक्छ
- दस्तावेज गरिएको साइलेन्ट इन्स्टल
- सानो डाउनलोड (३.४ MB)
कमजोरी
- नेटिभ ARM64 बिल्ड छैन
- ३२-बिट मात्र
- इन्स्टल गर्न एडमिनिस्ट्रेटर अधिकार चाहिन्छ
- एक वर्षभन्दा बढी समयदेखि कुनै अपडेट छैन
संक्षेपमा: PerlPrimer ३२-बिट PC का लागि एउटा ओपन सोर्स Windows टुल हो। यसका अपडेटहरू सुस्त भएका छन्। एडमिनिस्ट्रेटरले यसलाई प्रयोगकर्ताको हस्तक्षेपबिना (अनअटेन्डेड) डिप्लोय गर्न सक्छन्।
के PerlPrimer डाउनलोड गर्नु सुरक्षित छ?
- फाइल sourceforge.net बाट आउँछ, जुन प्रकाशकको आफ्नै डोमेन हो
- डाउनलोड लिङ्कले HTTPS प्रयोग गर्छ
- SHA256 ह्यास प्रकाशित छ, त्यसैले तपाईं फाइल जाँच्न सक्नुहुन्छ:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· यो ह्यासको VirusTotal रिपोर्ट खोल्नुहोस् - पछिल्लो जाँचमा लिङ्कले जवाफ दियो (२०२६ अक्टोबर २२)
- सोर्स कोड सार्वजनिक छ
- ExeAtlas ले इन्स्टलर न होस्ट गर्छ, न र्याप गर्छ, न बदल्छ
सम्बन्धित गाइड: Windows मा फाइलको SHA256 ह्यास कसरी जाँच्ने
हालैका संस्करणहरू
सबै १ संस्करण ›| संस्करण | मिति | साइज | फाइलहरू |
|---|---|---|---|
| 1.1.21पछिल्लो | २०११ नोभेम्बर २१ | ३.४ MB | ३२-बिट EXE (NSIS) |
कमान्ड लाइनबाट इन्स्टल गर्नुहोस्
साइलेन्ट इन्स्टल ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sसम्बन्धित गाइड: winget कसरी चलाउने: एप इन्स्टल र अपडेट
जानकारी
- प्रकाशक
- Owen Marshall
- लाइसेन्स
- GPL-2.0-or-later
- मूल्य
- निःशुल्क
- आवश्यक सिस्टम
- Windows 11 / 10
- आर्किटेक्चर
- ३२-बिट
- इन्स्टलर
- EXE (NSIS)
- संस्करण
- 1.1.21
- रिलिज
- २०११ नोभेम्बर २१
- क्याटलगमा थपिएको
- २०२५ अगस्ट २
- सूचीकृत संस्करण
- 1
- वेबसाइट
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
कुन फाइलहरू खोल्छ (1)
रेटिङ र समीक्षा
अहिलेसम्म कुनै समीक्षा छैन। सबैभन्दा पहिले रेटिङ दिनुहोस्।
बारम्बार सोधिने प्रश्नहरू
के PerlPrimer निःशुल्क छ?
हो। PerlPrimer ओपन सोर्स सफ्टवेयर हो (GPL-2.0-or-later लाइसेन्स)।
के PerlPrimer डाउनलोड गर्नु सुरक्षित छ?
फाइल sourceforge.net बाट डाउनलोड हुन्छ, जुन प्रकाशकको आफ्नै हो; ExeAtlas ले फाइल न होस्ट गर्छ, न बदल्छ। डाउनलोड गरेको फाइलको SHA256 ह्यास यहाँ देखाइएको ह्याससँग मिलाउनुहोस्, वा त्यो ह्यासको VirusTotal रिपोर्ट खोल्नुहोस्।
winget बाट PerlPrimer कसरी इन्स्टल गर्ने?
PowerShell वा Windows Terminal खोल्नुहोस् र यस पेजमा दिइएको winget कमान्ड चलाउनुहोस्। winget ले आधिकारिक इन्स्टलर डाउनलोड गर्छ र चलाउनुअघि त्यसको SHA256 ह्यास जाँच्छ।
के PerlPrimer साइलेन्ट इन्स्टल गर्न सकिन्छ?
सकिन्छ। साइलेन्ट इन्स्टल पेजमा हरेक इन्स्टलरको सही कमान्ड दिइएको छ।
के PerlPrimer ARM (Windows on Arm) मा चल्छ?
ARM64 बिल्ड छैन; Windows 11 on Arm मा ३२-बिट संस्करण इमुलेसनमार्फत चल्न सक्छ।