PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Beschreibung des Herstellers (Englisch)
Was ist PerlPrimer?
PerlPrimer ist ein quelloffenes Windows-Programm von Owen Marshall.
Installation und Systemvoraussetzungen
Offizielle Installationsdateien gibt es für 32-Bit im Format EXE (NSIS). Das Haupt-Setup ist 3,4 MB groß. Für die Installation sind Administratorrechte nötig. Das Setup unterstützt eine unbeaufsichtigte Installation ohne Rückfragen.
Verbreitung und Dateitypen
Unter Windows registriert das Programm einen Dateityp, darunter .ppr.
Vorteile / Nachteile
Vorteile
- Open Source: Der Quellcode ist einsehbar und lässt sich selbst kompilieren
- Dokumentierte stille Installation
- Kleiner Download (3,4 MB)
Nachteile
- Keine native ARM64-Version
- Nur 32-Bit
- Installation erfordert Administratorrechte
- Seit über einem Jahr kein Update
Kurz gesagt: PerlPrimer ist ein quelloffenes Tool für Windows für PCs mit 32-Bit. Die Updates sind seltener geworden. Administratoren können es unbeaufsichtigt verteilen.
Ist der Download von PerlPrimer sicher?
- Die Datei kommt von sourceforge.net, einer Domain des Herstellers
- Der Download-Link verwendet HTTPS
- Ein SHA256-Hash ist veröffentlicht, die Datei lässt sich also prüfen:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· VirusTotal-Bericht zu diesem Hash öffnen - Der Link hat bei der letzten Prüfung geantwortet (22. Oktober 2026)
- Der Quellcode ist öffentlich
- ExeAtlas hostet, verpackt oder verändert keine Installer
Passende Anleitung: SHA256-Hash einer Datei unter Windows prüfen
Neueste Versionen
Alle 1 Versionen ›| Version | Datum | Größe | Dateien |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Aktuell | 21. November 2011 | 3,4 MB | 32-Bit EXE (NSIS) |
Installation per Kommandozeile
Silent Install ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SPassende Anleitung: winget-Anleitung: Programme installieren und updaten
Informationen
- Hersteller
- Owen Marshall
- Lizenz
- GPL-2.0-or-later
- Preis
- Kostenlos
- Voraussetzung
- Windows 11 / 10
- Architektur
- 32-Bit
- Installer
- EXE (NSIS)
- Version
- 1.1.21
- Veröffentlicht
- 21. November 2011
- Im Katalog seit
- 2. August 2025
- Erfasste Versionen
- 1
- Website
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Unterstützte Dateitypen (1)
Bewertungen und Rezensionen
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Häufige Fragen
Ist PerlPrimer kostenlos?
Ja. PerlPrimer ist Open-Source-Software unter der Lizenz GPL-2.0-or-later.
Ist der Download von PerlPrimer sicher?
Die Datei kommt von sourceforge.net, einer Domain des Herstellers; ExeAtlas hostet oder verändert sie nicht. Vergleichen Sie den SHA256-Hash der heruntergeladenen Datei mit dem hier angezeigten oder öffnen Sie den VirusTotal-Bericht zu diesem Hash.
Wie installiere ich PerlPrimer mit winget?
Öffnen Sie PowerShell oder Windows Terminal und führen Sie den winget-Befehl auf dieser Seite aus. winget lädt das offizielle Setup herunter und prüft vor dem Start den SHA256-Hash.
Lässt sich PerlPrimer still (silent) installieren?
Ja. Die Seite zur stillen Installation nennt für jeden Installer den genauen Befehl.
Läuft PerlPrimer auf ARM (Windows on Arm)?
Eine ARM64-Version gibt es nicht; Windows 11 on Arm kann die Version für 32-Bit per Emulation ausführen.