PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Väljaandja kirjeldus (inglise)
Mis on PerlPrimer?
PerlPrimer on avatud lähtekoodiga Windowsi programm. Väljaandja: Owen Marshall.
Paigaldamine ja nõuded
Ametlikud paigaldusfailid on olemas järgmistele arhitektuuridele: 32-bitine; vorming EXE (NSIS). Peamise paigaldusfaili suurus on 3,4 MB. Paigaldamine nõuab administraatori õigusi. Paigaldaja toetab järelevalveta (vaikset) paigaldust.
Populaarsus ja failitüübid
Windowsis registreerib see 1 failitüübi, nende seas .ppr.
Plussid / Miinused
Plussid
- Avatud lähtekood: koodi saab igaüks üle vaadata ja ise kompileerida
- Dokumenteeritud vaikne paigaldus
- Väike allalaadimine (3,4 MB)
Miinused
- Natiivne ARM64-versioon puudub
- Ainult 32-bitine
- Paigaldamine nõuab administraatori õigusi
- Pole uuendatud üle aasta
Kokkuvõttes: PerlPrimer on avatud lähtekoodiga Windowsi tööriist (32-bitine). Uuendused on harvenenud. Administraatorid saavad selle paigaldada järelevalveta.
Kas programmi PerlPrimer allalaadimine on ohutu?
- Faili jagab sourceforge.net, väljaandja enda domeen
- Allalaadimislink kasutab HTTPS-i
- SHA256-räsi on avaldatud, nii et faili saab kontrollida:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Ava selle räsi VirusTotali aruanne - Link vastas viimasel kontrollil (22. oktoober 2026)
- Lähtekood on avalik
- ExeAtlas ei majuta, ümbrista ega muuda paigaldusfaile
Seotud juhend: Kuidas kontrollida faili SHA256-räsi Windowsis
Viimased versioonid
Ainus versioon ›| Versioon | Kuupäev | Suurus | Failid |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Uusim | 21. november 2011 | 3,4 MB | 32-bitine EXE (NSIS) |
Paigaldamine käsurealt
Vaikne paigaldus ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SSeotud juhend: Kuidas kasutada wingetit: paigaldus ja uuendamine
Teave
- Väljaandja
- Owen Marshall
- Litsents
- GPL-2.0-or-later
- Hind
- Tasuta
- Nõuded
- Windows 11 / 10
- Arhitektuur
- 32-bitine
- Paigaldaja
- EXE (NSIS)
- Versioon
- 1.1.21
- Avaldatud
- 21. november 2011
- Lisatud kataloogi
- 2. august 2025
- Versioone kataloogis
- 1
- Veebileht
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Failitüübid, mida see avab (1)
Hinnangud ja arvustused
Arvustusi veel pole. Hinda esimesena.
Korduma kippuvad küsimused
Kas PerlPrimer on tasuta?
Jah. PerlPrimer on avatud lähtekoodiga tarkvara (litsents GPL-2.0-or-later).
Kas programmi PerlPrimer allalaadimine on ohutu?
Fail laaditakse alla aadressilt sourceforge.net, mis kuulub väljaandjale; ExeAtlas faili ei majuta ega muuda. Võrdle faili SHA256-räsi siin näidatuga või ava selle räsi VirusTotali aruanne.
Kuidas paigaldada programmi PerlPrimer wingetiga?
Ava PowerShell või Windows Terminal ja käivita sellel lehel näidatud winget-käsk. winget laadib alla ametliku paigaldusfaili ja kontrollib enne käivitamist selle SHA256-räsi.
Kas programmi PerlPrimer saab paigaldada vaikselt?
Jah. Vaikse paigalduse lehel on iga paigaldaja jaoks täpne käsk.
Kas PerlPrimer töötab ARM-protsessoriga (Windows on Arm)?
ARM64-versiooni pole; Windows 11 on Arm saab 32-bitine versiooni käivitada emulatsiooni abil.