PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Апісанне ад распрацоўшчыка (англійская)
Што такое PerlPrimer?
PerlPrimer — праграма для Windows з адкрытым зыходным кодам. Распрацоўшчык — Owen Marshall.
Устаноўка і сістэмныя патрабаванні
Афіцыйныя ўсталёўшчыкі выпускаюцца для 32-біт; тып усталёўшчыка — EXE (NSIS). Памер асноўнага ўсталёўшчыка — 3,4 МБ. Для ўстаноўкі патрэбныя правы адміністратара. Усталёўшчык падтрымлівае ціхую ўстаноўку без удзелу карыстальніка.
Папулярнасць і тыпы файлаў
У Windows праграма рэгіструе 1 тып файлаў, сярод іх .ppr.
Перавагі / Недахопы
Перавагі
- Адкрыты зыходны код: яго можна праверыць і сабраць самастойна
- Апісаная ціхая ўстаноўка
- Невялікі ўсталёўшчык (3,4 МБ)
Недахопы
- Няма натыўнай зборкі ARM64
- Толькі 32-бітная версія
- Для ўстаноўкі патрэбныя правы адміністратара
- Больш за год без абнаўленняў
Коратка: PerlPrimer — праграма для Windows з адкрытым зыходным кодам; зборкі: 32-біт. Абнаўленні выходзяць усё радзей. Адміністратары могуць разгортваць яе без удзелу карыстальніка.
Ці бяспечна спампоўваць праграму PerlPrimer?
- Файл спампоўваецца з дамена распрацоўшчыка (sourceforge.net)
- Спасылка на спампоўку выкарыстоўвае HTTPS
- Апублікаваны хэш SHA256 — файл можна праверыць:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Адкрыць справаздачу VirusTotal для гэтага хэша - Падчас апошняй праверкі спасылка адказала (22 кастрычніка 2026 г.)
- Зыходны код адкрыты
- ExeAtlas не захоўвае, не абгортвае і не змяняе ўсталёўшчыкі
Інструкцыя па тэме: Як праверыць хэш SHA256 файла ў Windows
Апошнія версіі
Усе версіі (1) ›| Версія | Дата | Памер | Файлы |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Апошняя | 21 лістапада 2011 г. | 3,4 МБ | 32-біт EXE (NSIS) |
Устаноўка з каманднага радка
Ціхая ўстаноўка ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SІнструкцыя па тэме: Як карыстацца winget: устаноўка і абнаўленне
Інфармацыя
- Распрацоўшчык
- Owen Marshall
- Ліцэнзія
- GPL-2.0-or-later
- Кошт
- Бясплатна
- Патрабаванні
- Windows 11 / 10
- Архітэктура
- 32-біт
- Усталёўшчык
- EXE (NSIS)
- Версія
- 1.1.21
- Дата выхаду
- 21 лістапада 2011 г.
- Дададзена ў каталог
- 2 жніўня 2025 г.
- Версій у каталогу
- 1
- Сайт
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Якія файлы адкрывае (1)
Ацэнкі і водгукі
Водгукаў пакуль няма. Можна ацаніць першым.
Частыя пытанні
Праграма PerlPrimer бясплатная?
Так. PerlPrimer — праграма з адкрытым зыходным кодам (ліцэнзія GPL-2.0-or-later); спампаваць і выкарыстоўваць яе можна бясплатна.
Ці бяспечна спампоўваць праграму PerlPrimer?
Файл спампоўваецца з sourceforge.net — гэты дамен належыць распрацоўшчыку; ExeAtlas не захоўвае і не змяняе файл. Параўнайце SHA256 спампаванага файла з пазначаным на гэтай старонцы або адкрыйце справаздачу VirusTotal для гэтага хэша.
Як усталяваць PerlPrimer праз winget?
Адкрыйце PowerShell або Тэрмінал Windows і выканайце каманду winget з гэтай старонкі. winget спампуе афіцыйны ўсталёўшчык і праверыць яго хэш SHA256 перад запускам.
Ці можна ўсталяваць PerlPrimer у ціхім рэжыме?
Так. На старонцы ціхай устаноўкі пададзена дакладная каманда для кожнага ўсталёўшчыка.
Ці працуе PerlPrimer на ARM (Windows on Arm)?
Зборкі ARM64 няма; Windows 11 on Arm можа запусціць версію 32-біт праз эмуляцыю.