PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Lýsing útgefanda (enska)
Hvað er PerlPrimer?
Forritið PerlPrimer er opinn hugbúnaður fyrir Windows. Útgefandi: Owen Marshall.
Uppsetning og kröfur
Opinber uppsetningarforrit eru til fyrir 32 bita á sniðinu EXE (NSIS). Aðaluppsetningarforritið er 3,4 MB. Uppsetningin krefst stjórnandaréttinda. Uppsetningarforritið styður uppsetningu án inngrips (hljóðláta uppsetningu).
Vinsældir og skráargerðir
Í Windows skráir það 1 skráargerð, meðal annars .ppr.
Kostir / Gallar
Kostir
- Opinn hugbúnaður: hver sem er getur skoðað kóðann og byggt hann
- Skjalfest hljóðlát uppsetning
- Lítið niðurhal (3,4 MB)
Gallar
- Engin sérstök ARM64-útgáfa
- Aðeins 32 bita
- Uppsetning krefst stjórnandaréttinda
- Engin uppfærsla í meira en ár
Í stuttu máli: Forritið PerlPrimer er opinn hugbúnaður fyrir Windows (32 bita). Dregið hefur úr uppfærslum. Kerfisstjórar geta dreift því án inngrips.
Er óhætt að sækja forritið PerlPrimer?
- Skráin kemur frá sourceforge.net, léni útgefandans sjálfs
- Niðurhalstengillinn notar HTTPS
- SHA256-gildi er birt, svo hægt er að sannreyna skrána:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Opna skýrslu VirusTotal fyrir þetta gildi - Tengillinn svaraði þegar hann var síðast prófaður (22. október 2026)
- Grunnkóðinn er opinn
- ExeAtlas hýsir hvorki, pakkar inn né breytir uppsetningarforritum
Tengdar leiðbeiningar: Hvernig á að athuga SHA256-gildi skráar í Windows
Nýlegar útgáfur
Allar 1 útgáfurnar ›| Útgáfa | Dagsetning | Stærð | Skrár |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Nýjast | 21. nóvember 2011 | 3,4 MB | 32 bita EXE (NSIS) |
Uppsetning af skipanalínu
Hljóðlát uppsetning ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /STengdar leiðbeiningar: Hvernig á að nota winget: setja upp og uppfæra forrit
Upplýsingar
- Útgefandi
- Owen Marshall
- Leyfi
- GPL-2.0-or-later
- Verð
- Ókeypis
- Kröfur
- Windows 11 / 10
- Högun
- 32 bita
- Uppsetningarforrit
- EXE (NSIS)
- Útgáfa
- 1.1.21
- Gefið út
- 21. nóvember 2011
- Bætt í skrána
- 2. ágúst 2025
- Skráðar útgáfur
- 1
- Vefsíða
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-auðkenni
- OwenMarshall.PerlPrimer
Skráargerðir sem það opnar (1)
Einkunnir og umsagnir
Engar umsagnir enn. Gefðu fyrstu einkunnina.
Algengar spurningar
Er PerlPrimer ókeypis?
Já. Forritið PerlPrimer er opinn hugbúnaður með leyfinu GPL-2.0-or-later.
Er óhætt að sækja forritið PerlPrimer?
Niðurhalið kemur frá sourceforge.net, sem er í eigu útgefandans; ExeAtlas hýsir hvorki né breytir skránni. Berið SHA256-gildi hennar saman við gildið sem hér er sýnt, eða opnið skýrslu VirusTotal fyrir það gildi.
Hvernig er PerlPrimer sett upp með winget?
Opnið PowerShell eða Windows Terminal og keyrið winget-skipunina á þessari síðu. winget sækir opinbera uppsetningarforritið og athugar SHA256-gildi þess áður en það er keyrt.
Er hægt að setja PerlPrimer upp hljóðlaust?
Já. Síðan um hljóðláta uppsetningu sýnir nákvæma skipun fyrir hvert uppsetningarforrit.
Keyrir PerlPrimer á ARM (Windows on Arm)?
Engin ARM64-útgáfa er til; Windows 11 on Arm getur keyrt 32 bita útgáfuna með hermun.