PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Nashr etuvchining tavsifi (inglizcha)
PerlPrimer nima?
PerlPrimer — Owen Marshall tomonidan chiqarilgan ochiq kodli Windows dasturi.
Oʻrnatish va tizim talablari
Rasmiy oʻrnatish fayllari 32 bitli Windows uchun EXE (NSIS) formatida taqdim etiladi. Asosiy oʻrnatish faylining hajmi — 3,4 MB. Oʻrnatish uchun administrator huquqlari kerak. Oʻrnatuvchi savolsiz (jim) oʻrnatishni qoʻllab-quvvatlaydi.
Ommaboplik va fayl turlari
Windowsda 1 ta fayl turini roʻyxatdan oʻtkazadi, jumladan .ppr.
Afzalliklari / Kamchiliklari
Afzalliklari
- Ochiq kodli: kodni istalgan kishi koʻrib chiqishi va yigʻishi mumkin
- Hujjatlashtirilgan jim oʻrnatish
- Kichik hajm (3,4 MB)
Kamchiliklari
- Mahalliy ARM64 versiyasi yoʻq
- Faqat 32 bitli
- Oʻrnatish administrator huquqlarini talab qiladi
- Bir yildan ortiq yangilanmagan
Qisqacha xulosa: PerlPrimer — 32 bitli kompyuterlar uchun ochiq kodli Windows vositasi. Yangilanishlar sekinlashgan. Administratorlar uni savolsiz (avtomatik) tarqatishi mumkin.
PerlPrimer dasturini yuklab olish xavfsizmi?
- Fayl nashr etuvchining oʻz domeni — sourceforge.net orqali beriladi
- Yuklab olish havolasi HTTPS protokolidan foydalanadi
- SHA256 xeshi eʼlon qilingan, shuning uchun faylni tekshirish mumkin:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Bu xesh uchun VirusTotal hisobotini ochish - Soʻnggi tekshiruvda havola javob berdi (22-oktabr, 2026)
- Manba kodi ochiq
- ExeAtlas oʻrnatish fayllarini saqlamaydi, oʻramaydi va oʻzgartirmaydi
Tegishli qoʻllanma: Windowsda fayl SHA256 xeshini tekshirish
Soʻnggi versiyalar
Barcha 1 ta versiya ›| Versiya | Sana | Hajmi | Fayllar |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Eng soʻnggi | 21-noyabr, 2011 | 3,4 MB | 32 bitli EXE (NSIS) |
Buyruq satridan oʻrnatish
Jim oʻrnatish ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /STegishli qoʻllanma: winget: dasturlarni oʻrnatish va yangilash
Maʼlumot
- Nashr etuvchi
- Owen Marshall
- Litsenziya
- GPL-2.0-or-later
- Narxi
- Bepul
- Talablar
- Windows 11 / 10
- Arxitektura
- 32 bitli
- Oʻrnatuvchi turi
- EXE (NSIS)
- Versiya
- 1.1.21
- Chiqarilgan sana
- 21-noyabr, 2011
- Katalogga qoʻshilgan
- 2-avgust, 2025
- Roʻyxatdagi versiyalar
- 1
- Veb-sayt
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Ochadigan fayl turlari (1)
Baholar va sharhlar
Hali sharhlar yoʻq. Birinchi boʻlib baholang.
Koʻp beriladigan savollar
PerlPrimer bepulmi?
Ha. PerlPrimer — ochiq kodli dastur (GPL-2.0-or-later litsenziyasi).
PerlPrimer dasturini yuklab olish xavfsizmi?
Fayl sourceforge.net manzilidan yuklab olinadi; bu manzil nashr etuvchiga tegishli. ExeAtlas faylni saqlamaydi va oʻzgartirmaydi. Yuklab olingan faylning SHA256 xeshini shu yerda koʻrsatilgani bilan solishtiring yoki bu xesh uchun VirusTotal hisobotini oching.
PerlPrimer dasturini winget orqali qanday oʻrnatish mumkin?
PowerShell yoki Windows Terminalni oching va shu sahifadagi winget buyrugʻini ishga tushiring. winget rasmiy oʻrnatish faylini yuklab oladi va ishga tushirishdan oldin uning SHA256 xeshini tekshiradi.
PerlPrimer dasturini jim oʻrnatish mumkinmi?
Ha. Jim oʻrnatish sahifasida har bir oʻrnatuvchi uchun aniq buyruq berilgan.
PerlPrimer ARM protsessorida (Windows on Arm) ishlaydimi?
ARM64 versiyasi yoʻq; Windows 11 on Arm 32 bitli versiyasini emulyatsiya orqali ishga tushira oladi.