PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Deskripsi dari penerbit (Inggris)
Apa itu PerlPrimer?
PerlPrimer adalah program Windows open source dari Owen Marshall.
Instalasi dan persyaratan sistem
Installer resmi tersedia untuk Windows 32-bit dalam format EXE (NSIS). Ukuran installer utamanya 3,4 MB. Proses instalasi memerlukan hak administrator. Installer-nya mendukung instalasi tanpa interaksi (silent install).
Popularitas dan jenis file
Di Windows, program ini mendaftarkan 1 jenis file, di antaranya .ppr.
Kelebihan / Kekurangan
Kelebihan
- Open source: kodenya bisa diperiksa dan dikompilasi siapa saja
- Instalasi senyap terdokumentasi
- Ukuran unduhan kecil (3,4 MB)
Kekurangan
- Tidak ada versi ARM64 native
- Hanya tersedia versi 32-bit
- Instalasi memerlukan hak administrator
- Tidak ada pembaruan lebih dari setahun
Singkatnya: PerlPrimer adalah aplikasi Windows yang open source untuk PC 32-bit. Pembaruannya sudah jarang. Administrator dapat mendistribusikannya tanpa interaksi pengguna.
Apakah PerlPrimer aman diunduh?
- File disediakan oleh sourceforge.net, domain milik penerbit
- Tautan download menggunakan HTTPS
- Hash SHA256 tersedia, sehingga file bisa diverifikasi:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Buka laporan VirusTotal untuk hash ini - Tautan merespons saat terakhir dicek (22 Oktober 2026)
- Kode sumbernya terbuka untuk umum
- ExeAtlas tidak menyimpan, membungkus, atau mengubah installer
Panduan terkait: Cara cek hash SHA256 file di Windows
Rilis terakhir
Semua 1 versi ›| Versi | Tanggal | Ukuran | File |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Terbaru | 21 November 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Instalasi lewat command line
Instalasi senyap ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SPanduan terkait: Cara pakai winget: instal dan update aplikasi
Informasi
- Penerbit
- Owen Marshall
- Lisensi
- GPL-2.0-or-later
- Harga
- Gratis
- Persyaratan
- Windows 11 / 10
- Arsitektur
- 32-bit
- Installer
- EXE (NSIS)
- Versi
- 1.1.21
- Tanggal rilis
- 21 November 2011
- Masuk katalog
- 2 Agustus 2025
- Versi tercatat
- 1
- Situs web
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Jenis file yang bisa dibuka (1)
Rating dan ulasan
Belum ada ulasan. Jadilah yang pertama memberi rating.
Pertanyaan yang sering diajukan
Apakah PerlPrimer gratis?
Ya. PerlPrimer adalah software open source berlisensi GPL-2.0-or-later.
Apakah PerlPrimer aman diunduh?
File download berasal dari sourceforge.net, domain milik penerbit; ExeAtlas tidak menyimpan atau mengubah file tersebut. Cocokkan hash SHA256 file tersebut dengan yang tertera di sini, atau buka laporan VirusTotal untuk hash itu.
Bagaimana cara menginstal PerlPrimer dengan winget?
Buka PowerShell atau Windows Terminal, lalu jalankan perintah winget yang tertera di halaman ini. winget mengunduh installer resmi dan memeriksa hash SHA256-nya sebelum menjalankannya.
Apakah PerlPrimer bisa diinstal secara senyap (silent install)?
Ya. Halaman instalasi senyap mencantumkan perintah yang tepat untuk setiap installer.
Apakah PerlPrimer bisa berjalan di prosesor ARM (Windows on Arm)?
Tidak ada versi ARM64; Windows 11 on Arm dapat menjalankan versi 32-bit melalui emulasi.