PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Yayıncının açıklaması (İngilizce)
PerlPrimer nedir?
PerlPrimer, Owen Marshall tarafından yayımlanan açık kaynaklı bir Windows programıdır.
Kurulum ve gereksinimler
Resmî kurulum dosyaları 32 bit Windows için EXE (NSIS) biçiminde sunuluyor. Ana kurulum dosyasının boyutu 3,4 MB. Kurulum yönetici izni ister. Kurulum dosyası soru sormadan (sessiz) kurulumu destekliyor.
Popülerlik ve dosya türleri
Windows'ta 1 dosya türünü kaydediyor; aralarında .ppr var.
Artılar / Eksiler
Artılar
- Açık kaynak: kodu herkes inceleyebilir ve derleyebilir
- Belgelenmiş sessiz kurulum
- Küçük indirme boyutu (3,4 MB)
Eksiler
- Yerel ARM64 sürümü yok
- Yalnızca 32 bit
- Kurulum yönetici izni istiyor
- Bir yıldan uzun süredir güncellenmedi
Kısaca: PerlPrimer, 32 bit bilgisayarlar için açık kaynaklı bir Windows aracı. Güncellemeleri yavaşlamış. Sistem yöneticileri soru sormadan dağıtabilir.
PerlPrimer indirmek güvenli mi?
- Dosya yayıncının kendi alan adından (sourceforge.net) geliyor
- İndirme bağlantısı HTTPS kullanıyor
- SHA256 değeri yayımlanmış; dosyayı doğrulayabilirsiniz:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Bu hash için VirusTotal raporunu açın - Bağlantı son kontrolde yanıt verdi (22 Ekim 2026)
- Kaynak kodu herkese açık
- ExeAtlas kurulum dosyalarını barındırmaz, sarmalamaz, değiştirmez
İlgili rehber: Windows’ta bir dosyanın SHA256 özeti nasıl doğrulanır
Son sürümler
1 sürümün tümü ›| Sürüm | Tarih | Boyut | Dosyalar |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Güncel | 21 Kasım 2011 | 3,4 MB | 32 bit EXE (NSIS) |
Komut satırından kurulum
Sessiz kurulum ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sİlgili rehber: winget nasıl kullanılır: program kurma ve güncelleme
Bilgiler
- Yayıncı
- Owen Marshall
- Lisans
- GPL-2.0-or-later
- Fiyat
- Ücretsiz
- Gereksinim
- Windows 11 / 10
- Mimari
- 32 bit
- Kurulum türü
- EXE (NSIS)
- Sürüm
- 1.1.21
- Çıkış tarihi
- 21 Kasım 2011
- Kataloğa eklenme
- 2 Ağustos 2025
- Kayıtlı sürüm
- 1
- Resmî site
- perlprimer.sourceforge.net
- winget kimliği
- OwenMarshall.PerlPrimer
Açtığı dosya türleri (1)
Puanlar ve yorumlar
Henüz yorum yok. İlk puanı siz verin.
Sıkça sorulan sorular
PerlPrimer ücretsiz mi?
Evet. PerlPrimer açık kaynaklı bir programdır (GPL-2.0-or-later lisansı).
PerlPrimer indirmek güvenli mi?
İndirme sourceforge.net adresinden gelir; bu adres yayıncıya ait. ExeAtlas dosyayı barındırmaz ve değiştirmez. İndirdiğiniz dosyanın SHA256 değerini burada gösterilenle karşılaştırabilir ya da bu hash için VirusTotal raporunu açabilirsiniz.
PerlPrimer winget ile nasıl kurulur?
PowerShell ya da Windows Terminal açıp bu sayfadaki winget komutunu çalıştırın. winget resmî kurulum dosyasını indirir ve çalıştırmadan önce SHA256 değerini doğrular.
PerlPrimer sessiz kurulabilir mi?
Evet. Sessiz kurulum sayfasında her kurulum dosyası için tam komut var.
PerlPrimer ARM işlemcide (Windows on Arm) çalışır mı?
ARM64 sürümü yok; Windows 11 on Arm, 32 bit sürümünü öykünmeyle çalıştırabilir.