PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Περιγραφή του εκδότη (Αγγλικά)
Τι είναι το PerlPrimer;
Το PerlPrimer είναι πρόγραμμα ανοιχτού κώδικα για Windows. Εκδότης: Owen Marshall.
Εγκατάσταση και απαιτήσεις
Υπάρχουν επίσημα αρχεία εγκατάστασης για 32-bit σε μορφή EXE (NSIS). Το κύριο αρχείο εγκατάστασης έχει μέγεθος 3,4 MB. Η εγκατάσταση ζητά δικαιώματα διαχειριστή. Το αρχείο εγκατάστασης υποστηρίζει εγκατάσταση χωρίς επίβλεψη (αθόρυβη).
Δημοτικότητα και τύποι αρχείων
Στα Windows καταχωρεί 1 τύπο αρχείου, μεταξύ των οποίων .ppr.
Πλεονεκτήματα / Μειονεκτήματα
Πλεονεκτήματα
- Ανοιχτός κώδικας: ο καθένας μπορεί να τον ελέγξει και να τον μεταγλωττίσει
- Τεκμηριωμένη αθόρυβη εγκατάσταση
- Μικρό μέγεθος λήψης (3,4 MB)
Μειονεκτήματα
- Δεν υπάρχει εγγενής έκδοση ARM64
- Μόνο έκδοση 32-bit
- Η εγκατάσταση απαιτεί δικαιώματα διαχειριστή
- Καμία ενημέρωση εδώ και πάνω από έναν χρόνο
Συνοπτικά: Το PerlPrimer είναι εργαλείο ανοιχτού κώδικα για Windows για υπολογιστές 32-bit. Οι ενημερώσεις έχουν αραιώσει. Οι διαχειριστές συστημάτων μπορούν να το εγκαταστήσουν χωρίς επίβλεψη.
Είναι ασφαλής η λήψη του PerlPrimer;
- Το αρχείο διατίθεται από το sourceforge.net, τον τομέα του ίδιου του εκδότη
- Ο σύνδεσμος λήψης χρησιμοποιεί HTTPS
- Δημοσιεύεται hash SHA256, οπότε μπορείτε να επαληθεύσετε το αρχείο:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Άνοιγμα της αναφοράς VirusTotal για αυτό το hash - Ο σύνδεσμος αποκρίθηκε στον τελευταίο έλεγχο (22 Οκτωβρίου 2026)
- Ο πηγαίος κώδικας είναι δημόσιος
- Το ExeAtlas δεν φιλοξενεί, δεν τυλίγει και δεν τροποποιεί αρχεία εγκατάστασης
Σχετικός οδηγός: Έλεγχος SHA256 αρχείου στα Windows
Πρόσφατες εκδόσεις
Η μία έκδοση ›| Έκδοση | Ημερομηνία | Μέγεθος | Αρχεία |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Τελευταία | 21 Νοεμβρίου 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Εγκατάσταση από τη γραμμή εντολών
Αθόρυβη εγκατάσταση ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SΣχετικός οδηγός: Οδηγός winget: εγκατάσταση και ενημέρωση προγραμμάτων
Πληροφορίες
- Εκδότης
- Owen Marshall
- Άδεια
- GPL-2.0-or-later
- Τιμή
- Δωρεάν
- Απαιτήσεις
- Windows 11 / 10
- Αρχιτεκτονική
- 32-bit
- Αρχείο εγκατάστασης
- EXE (NSIS)
- Έκδοση
- 1.1.21
- Κυκλοφορία
- 21 Νοεμβρίου 2011
- Προστέθηκε στον κατάλογο
- 2 Αυγούστου 2025
- Καταγεγραμμένες εκδόσεις
- 1
- Ιστότοπος
- perlprimer.sourceforge.net
- Αναγνωριστικό winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Τύποι αρχείων που ανοίγει (1)
Βαθμολογίες και κριτικές
Δεν υπάρχουν ακόμη κριτικές. Γίνετε οι πρώτοι που θα βαθμολογήσουν.
Συχνές ερωτήσεις
Είναι δωρεάν το PerlPrimer;
Ναι. Το PerlPrimer είναι λογισμικό ανοιχτού κώδικα με άδεια GPL-2.0-or-later και η λήψη και η χρήση του είναι δωρεάν.
Είναι ασφαλής η λήψη του PerlPrimer;
Το αρχείο κατεβαίνει από το sourceforge.net, που ανήκει στον εκδότη· το ExeAtlas δεν φιλοξενεί ούτε τροποποιεί το αρχείο. Συγκρίνετε το hash SHA256 του αρχείου με αυτό που εμφανίζεται εδώ ή ανοίξτε την αναφορά VirusTotal για αυτό το hash.
Πώς εγκαθίσταται το PerlPrimer με το winget;
Ανοίξτε το PowerShell ή το Windows Terminal και εκτελέστε την εντολή winget που εμφανίζεται σε αυτή τη σελίδα. Το winget κατεβάζει το επίσημο αρχείο εγκατάστασης και ελέγχει το hash SHA256 πριν το εκτελέσει.
Υποστηρίζει το PerlPrimer αθόρυβη εγκατάσταση;
Ναι. Η σελίδα αθόρυβης εγκατάστασης δίνει την ακριβή εντολή για κάθε αρχείο εγκατάστασης.
Λειτουργεί το PerlPrimer σε ARM (Windows on Arm);
Δεν υπάρχει έκδοση ARM64· τα Windows 11 on Arm μπορούν να εκτελέσουν την έκδοση 32-bit μέσω εξομοίωσης.