PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
תיאור המפיץ (אנגלית)
מה זה PerlPrimer?
PerlPrimer היא תוכנה בקוד פתוח ל־Windows מאת Owen Marshall.
התקנה ודרישות
קיימים קובצי התקנה רשמיים ל־32 ביט בפורמט EXE (NSIS). גודל קובץ ההתקנה הראשי: 3.4 MB. ההתקנה דורשת הרשאות מנהל. קובץ ההתקנה תומך בהתקנה שקטה, בלי התערבות של המשתמש.
פופולריות וסוגי קבצים
ב־Windows היא רושמת סוג קובץ אחד, ביניהם .ppr.
יתרונות / חסרונות
יתרונות
- קוד פתוח: כל אחד יכול לבדוק את הקוד ולבנות אותו
- התקנה שקטה מתועדת
- הורדה קטנה (3.4 MB)
חסרונות
- אין גרסת ARM64 מקורית
- 32 ביט בלבד
- ההתקנה דורשת הרשאות מנהל
- לא עודכנה יותר משנה
בקצרה: PerlPrimer היא תוכנה בקוד פתוח ל־Windows למחשבי 32 ביט. קצב העדכונים שלה הואט. מנהלי מערכת יכולים להפיץ אותה בלי התערבות של המשתמש.
האם ההורדה של PerlPrimer בטוחה?
- הקובץ מגיע מהשרת sourceforge.net, הדומיין של המפיץ עצמו
- קישור ההורדה משתמש ב־HTTPS
- פורסם ערך SHA256, כך שאפשר לאמת את הקובץ:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· פתיחת הדוח של VirusTotal עבור ה־hash הזה - הקישור הגיב בבדיקה האחרונה (22 באוקטובר 2026)
- קוד המקור פתוח לציבור
- ExeAtlas אינו מאחסן, עוטף או משנה קובצי התקנה
מדריך קשור: בדיקת SHA256 של קובץ ב־Windows
גרסאות אחרונות
כל 1 הגרסאות ›| גרסה | תאריך | גודל | קבצים |
|---|---|---|---|
| 1.1.21אחרונה | 21 בנובמבר 2011 | 3.4 MB | 32 ביט EXE (NSIS) |
התקנה משורת הפקודה
התקנה שקטה ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sמדריך קשור: מדריך winget: התקנה ועדכון של תוכנות
מידע
- מפיץ
- Owen Marshall
- רישיון
- GPL-2.0-or-later
- מחיר
- חינם
- דרישות
- Windows 11 / 10
- ארכיטקטורה
- 32 ביט
- סוג קובץ ההתקנה
- EXE (NSIS)
- גרסה
- 1.1.21
- תאריך שחרור
- 21 בנובמבר 2011
- נוספה לקטלוג
- 2 באוגוסט 2025
- גרסאות ברשימה
- 1
- אתר רשמי
- perlprimer.sourceforge.net
- מזהה winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
סוגי קבצים נתמכים (1)
דירוגים וביקורות
אין עדיין ביקורות. אפשר להיות הראשונים לדרג.
שאלות נפוצות
האם PerlPrimer חינמית?
כן. PerlPrimer היא תוכנת קוד פתוח ברישיון GPL-2.0-or-later.
האם ההורדה של PerlPrimer בטוחה?
הקובץ מגיע מהשרת sourceforge.net, ששייך למפיץ; ExeAtlas אינו מאחסן את הקובץ ואינו משנה אותו. אפשר להשוות את ערך ה־SHA256 של הקובץ לערך שמוצג כאן, או לפתוח את הדוח של VirusTotal עבור אותו ערך.
איך מתקינים את PerlPrimer באמצעות winget?
פותחים את PowerShell או את Windows Terminal ומריצים את פקודת ה־winget שמופיעה בדף הזה. winget מוריד את קובץ ההתקנה הרשמי ובודק את ערך ה־SHA256 שלו לפני ההפעלה.
אפשר להתקין את PerlPrimer בהתקנה שקטה?
כן. בדף ההתקנה השקטה מופיעה הפקודה המדויקת לכל קובץ התקנה.
אפשר להריץ את PerlPrimer על ARM (Windows on Arm)?
אין גרסת ARM64; Windows 11 on Arm יכול להריץ את גרסת ה־32 ביט באמצעות אמולציה.