PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Description de l’éditeur (anglais)
PerlPrimer : présentation
PerlPrimer est un logiciel open source pour Windows édité par Owen Marshall.
Installation et configuration requise
Des installateurs officiels existent pour Windows 32 bits, au format EXE (NSIS). L’installateur principal pèse 3,4 Mo. L’installation demande des droits d’administrateur. L’installateur accepte une installation silencieuse, sans aucune intervention.
Popularité et types de fichiers
Sous Windows, il s’associe à 1 type de fichier, dont .ppr.
Points forts / Points faibles
Points forts
- Open source : chacun peut examiner et compiler le code
- Installation silencieuse documentée
- Téléchargement léger (3,4 Mo)
Points faibles
- Pas de version ARM64 native
- 32 bits uniquement
- L’installation exige des droits d’administrateur
- Aucune mise à jour depuis plus d’un an
En résumé: PerlPrimer est un logiciel open source pour Windows, proposé pour les PC 32 bits. Ses mises à jour se sont espacées. Les administrateurs peuvent le déployer sans intervention.
PerlPrimer : le téléchargement est-il sûr ?
- Le fichier est servi par sourceforge.net, le domaine de l’éditeur
- Le lien de téléchargement utilise HTTPS
- Une empreinte SHA256 est publiée : le fichier peut être vérifié:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Ouvrir le rapport VirusTotal de cette empreinte - Le lien a répondu lors de la dernière vérification (22 octobre 2026)
- Le code source est public
- ExeAtlas n’héberge, n’emballe ni ne modifie aucun installateur
Guide associé: Vérifier l’empreinte SHA256 d’un fichier sous Windows
Versions récentes
Toutes les versions (1) ›| Version | Date | Taille | Fichiers |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Dernière | 21 novembre 2011 | 3,4 Mo | 32 bits EXE (NSIS) |
Installer en ligne de commande
Installation silencieuse ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SGuide associé: Utiliser winget : installer et mettre à jour
Informations
- Éditeur
- Owen Marshall
- Licence
- GPL-2.0-or-later
- Prix
- Gratuit
- Configuration requise
- Windows 11 / 10
- Architecture
- 32 bits
- Installateur
- EXE (NSIS)
- Version
- 1.1.21
- Date de sortie
- 21 novembre 2011
- Ajouté au catalogue
- 2 août 2025
- Versions répertoriées
- 1
- Site officiel
- perlprimer.sourceforge.net
- Identifiant winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Types de fichiers pris en charge (1)
Notes et avis
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Questions fréquentes
PerlPrimer est-il gratuit ?
Oui. PerlPrimer est un logiciel open source distribué sous licence GPL-2.0-or-later.
PerlPrimer : le téléchargement est-il sûr ?
Le fichier est servi par sourceforge.net, un domaine qui appartient à l’éditeur ; ExeAtlas n’héberge pas le fichier et ne le modifie pas. Comparez son empreinte SHA256 avec celle affichée ici, ou ouvrez le rapport VirusTotal de cette empreinte.
Comment installer PerlPrimer avec winget ?
Ouvrez PowerShell ou le Terminal Windows et exécutez la commande winget indiquée sur cette page. winget télécharge l’installateur officiel et vérifie son empreinte SHA256 avant de le lancer.
Peut-on installer PerlPrimer en mode silencieux ?
Oui. La page consacrée à l’installation silencieuse donne la commande exacte pour chaque installateur.
PerlPrimer fonctionne-t-il sur ARM (Windows on Arm) ?
Il n’existe pas de version ARM64 ; Windows 11 sur Arm peut exécuter la version 32 bits par émulation.