PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Opis izdajatelja (angleščina)
Kaj je PerlPrimer?
PerlPrimer je odprtokoden program za Windows. Izdajatelj je Owen Marshall.
Namestitev in sistemske zahteve
Uradne namestitvene datoteke so na voljo za 32-bitno, v obliki EXE (NSIS). Glavna namestitvena datoteka meri 3,4 MB. Za namestitev so potrebne skrbniške pravice. Namestitvena datoteka podpira tiho namestitev brez sodelovanja uporabnika.
Priljubljenost in vrste datotek
V sistemu Windows program registrira 1 vrsto datotek, med njimi .ppr.
Prednosti / Slabosti
Prednosti
- Odprta koda: vsakdo jo lahko pregleda in sam prevede
- Dokumentirana tiha namestitev
- Majhna namestitvena datoteka (3,4 MB)
Slabosti
- Ni izvorne različice ARM64
- Samo 32-bitna različica
- Za namestitev so potrebne skrbniške pravice
- Več kot leto dni brez posodobitve
Na kratko: PerlPrimer je odprtokoden program za Windows, na voljo za 32-bitno. Posodobitve so vse redkejše. Skrbniki ga lahko uvajajo brez sodelovanja uporabnika.
Je prenos programa PerlPrimer varen?
- Datoteka se prenese z domene izdajatelja (sourceforge.net)
- Povezava za prenos uporablja HTTPS
- Objavljena je zgoščena vrednost SHA256, zato je datoteko mogoče preveriti:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Odpri poročilo VirusTotal za to zgoščeno vrednost - Ob zadnjem preverjanju se je povezava odzvala (22. oktober 2026)
- Izvorna koda je javna
- ExeAtlas namestitvenih datotek ne gosti, ne ovija in ne spreminja
Povezan vodnik: Kako v sistemu Windows preveriti SHA256 datoteke
Najnovejše različice
Vse različice (1) ›| Različica | Datum | Velikost | Datoteke |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Najnovejša | 21. november 2011 | 3,4 MB | 32-bitno EXE (NSIS) |
Namestitev iz ukazne vrstice
Tiha namestitev ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SPovezan vodnik: Kako uporabljati winget: namestitev in posodobitve
Informacije
- Izdajatelj
- Owen Marshall
- Licenca
- GPL-2.0-or-later
- Cena
- Brezplačno
- Zahteve
- Windows 11 / 10
- Arhitektura
- 32-bitno
- Namestitvena datoteka
- EXE (NSIS)
- Različica
- 1.1.21
- Izdano
- 21. november 2011
- Dodano v katalog
- 2. avgust 2025
- Število različic
- 1
- Spletna stran
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Katere datoteke odpre (1)
Ocene in mnenja
Mnenj še ni. Lahko ste prvi, ki oceni program.
Pogosta vprašanja
Je program PerlPrimer brezplačen?
Da. PerlPrimer je odprtokoden program (licenca GPL-2.0-or-later), ki ga je mogoče brezplačno prenesti in uporabljati.
Je prenos programa PerlPrimer varen?
Datoteka se prenese z domene sourceforge.net, ki pripada izdajatelju; ExeAtlas datoteke ne gosti in je ne spreminja. Zgoščeno vrednost SHA256 prenesene datoteke primerjajte s tisto na tej strani ali odprite poročilo VirusTotal za to vrednost.
Kako namestiti PerlPrimer z wingetom?
Odprite PowerShell ali Windows Terminal in zaženite ukaz winget s te strani. winget prenese uradno namestitveno datoteko in pred zagonom preveri njeno zgoščeno vrednost SHA256.
Ali je PerlPrimer mogoče namestiti tiho?
Da. Na strani o tihi namestitvi je natančen ukaz za vsako namestitveno datoteko.
Ali PerlPrimer deluje na procesorjih ARM (Windows on Arm)?
Različice ARM64 ni; Windows 11 on Arm lahko različico 32-bitno zažene z emulacijo.