PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Popis od výrobce (angličtina)
Co je PerlPrimer?
PerlPrimer je program pro Windows s otevřeným zdrojovým kódem. Výrobce: Owen Marshall.
Instalace a systémové požadavky
Oficiální instalátory jsou k dispozici pro 32bit; typ instalátoru: EXE (NSIS). Hlavní instalátor má velikost 3,4 MB. Instalace vyžaduje oprávnění správce. Instalátor podporuje bezobslužnou (tichou) instalaci.
Oblíbenost a typy souborů
Ve Windows program registruje 1 typ souborů, mimo jiné .ppr.
Výhody / Nevýhody
Výhody
- Otevřený zdrojový kód: kdokoli ho může zkontrolovat a sestavit
- Zdokumentovaná tichá instalace
- Malý instalátor (3,4 MB)
Nevýhody
- Chybí nativní sestavení ARM64
- Pouze 32bitová verze
- Instalace vyžaduje oprávnění správce
- Více než rok bez aktualizace
Ve zkratce: PerlPrimer je program pro Windows s otevřeným zdrojovým kódem; sestavení: 32bit. Aktualizace vycházejí stále méně často. Správci ho mohou nasadit bezobslužně.
Je stažení programu PerlPrimer bezpečné?
- Soubor se stahuje z domény výrobce (sourceforge.net)
- Odkaz ke stažení používá HTTPS
- Hash SHA256 je zveřejněn – soubor lze ověřit:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Otevřít zprávu VirusTotal pro tento hash - Při poslední kontrole odkaz odpověděl (22. října 2026)
- Otevřený zdrojový kód
- ExeAtlas instalátory neukládá, nebalí ani nemění
Související návod: Jak ve Windows ověřit hash SHA256 souboru
Poslední verze
Všechny verze (1) ›| Verze | Datum | Velikost | Soubory |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Nejnovější | 21. listopadu 2011 | 3,4 MB | 32bit EXE (NSIS) |
Instalace z příkazového řádku
Tichá instalace ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SSouvisející návod: Jak používat winget: instalace a aktualizace programů
Informace
- Výrobce
- Owen Marshall
- Licence
- GPL-2.0-or-later
- Cena
- Zdarma
- Požadavky
- Windows 11 / 10
- Architektura
- 32bit
- Instalátor
- EXE (NSIS)
- Verze
- 1.1.21
- Datum vydání
- 21. listopadu 2011
- Přidáno do katalogu
- 2. srpna 2025
- Verzí v katalogu
- 1
- Web
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Jaké soubory otevírá (1)
Hodnocení a recenze
Zatím žádné recenze. Hodnocení můžete přidat jako první.
Časté otázky
Je program PerlPrimer zdarma?
Ano. PerlPrimer je program s otevřeným zdrojovým kódem (licence GPL-2.0-or-later); stažení i používání je zdarma.
Je stažení programu PerlPrimer bezpečné?
Soubor se stahuje z sourceforge.net – tato doména patří výrobci; ExeAtlas soubor neukládá ani nemění. Porovnejte SHA256 staženého souboru s hodnotou na této stránce nebo otevřete zprávu VirusTotal pro tento hash.
Jak nainstalovat PerlPrimer přes winget?
Otevřete PowerShell nebo Windows Terminal a spusťte příkaz winget z této stránky. winget stáhne oficiální instalátor a před spuštěním ověří jeho hash SHA256.
Lze PerlPrimer nainstalovat v tichém režimu?
Ano. Stránka tiché instalace uvádí přesný příkaz pro každý instalátor.
Funguje PerlPrimer na ARM (Windows on Arm)?
Sestavení ARM64 neexistuje; Windows 11 on Arm může verzi 32bit spustit pomocí emulace.