PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
د خپرونکي تشریح (انګليسي)
PerlPrimer څه شی دی؟
PerlPrimer د Windows لپاره یو خلاصه سرچینه پروګرام دی چې Owen Marshall خپور کړی.
نصب او اړتیاوې
رسمي نصبوونکي د 32-bit لپاره د EXE (NSIS) په بڼه شته. د اصلي نصبوونکي اندازه ۳٫۴ MB ده. نصب یې د اډمین (Administrator) اجازه غواړي. نصبوونکی بې له کارن د لاسوهنې (چوپه) نصب ملاتړ کوي.
شهرت او د فایل ډولونه
په Windows کې ۱ ډول فایلونه ثبتوي، لکه .ppr.
ګټې / نیمګړتیاوې
ګټې
- خلاصه سرچینه: هر څوک یې کوډ کتلی او جوړولی شي
- لیکل شوی چوپه نصب
- کوچنی ډاونلوډ (۳٫۴ MB)
نیمګړتیاوې
- اصلي ARM64 نسخه نه لري
- یوازې 32-bit
- نصب یې د اډمین اجازه غواړي
- له یو کال ډېر نه دی تازه شوی
لنډه دا چې: PerlPrimer د 32-bit کمپیوټرونو لپاره یوه خلاصه سرچینه Windows وسیله ده. تازه کېدنې یې ورو شوې. اډمینان یې بې له لاسوهنې وېشلی شي.
ایا د PerlPrimer ډاونلوډ خوندي دی؟
- فایل له sourceforge.net څخه راځي، چې د خپرونکي خپل ډومېن دی
- د ډاونلوډ لینک HTTPS کاروي
- SHA256 هش خپور شوی، نو فایل تایید کولی شئ:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· د دې هش د VirusTotal راپور پرانیزئ - لینک په وروستي ځل کتلو کې ځواب ورکړ (AP ۱۴۰۵ تله ۳۰)
- سرچینه کوډ عامه دی
- ExeAtlas نصبوونکي نه ساتي، نه یې پوښي او نه یې بدلوي
اړوند لارښود: په Windows کې د فایل SHA256 هش څنګه وګورو
وروستۍ نسخې
ټولې ۱ نسخې ›| نسخه | نېټه | اندازه | فایلونه |
|---|---|---|---|
| 1.1.21وروستۍ | AP ۱۳۹۰ لړم ۳۰ | ۳٫۴ MB | 32-bit EXE (NSIS) |
له کمانډ لاین نه نصب
چوپه نصب ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sاړوند لارښود: winget څنګه وکاروو: پروګرامونه نصب او تازه کړئ
معلومات
- خپرونکی
- Owen Marshall
- جواز
- GPL-2.0-or-later
- بیه
- وړیا
- اړتیا
- Windows 11 / 10
- جوړښت (Architecture)
- 32-bit
- د نصبوونکي ډول
- EXE (NSIS)
- نسخه
- 1.1.21
- د خپرېدو نېټه
- AP ۱۳۹۰ لړم ۳۰
- لېست ته د ورزیاتېدو نېټه
- AP ۱۴۰۴ زمری ۱۱
- لېست شوې نسخې
- 1
- وېب پاڼه
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
هغه فایلونه چې پرانیستلی یې شي (1)
درجې او نظرونه
لا تر اوسه هېڅ نظر نشته. لومړۍ درجه تاسو ورکړئ.
ډېرې پوښتل شوې پوښتنې
ایا PerlPrimer وړیا دی؟
هو. PerlPrimer خلاصه سرچینه سافټویر دی د GPL-2.0-or-later جواز لاندې.
ایا د PerlPrimer ډاونلوډ خوندي دی؟
ډاونلوډ له sourceforge.net څخه راځي، چې د خپرونکي خپل دی؛ ExeAtlas فایل نه ساتي او نه یې بدلوي. د فایل SHA256 هش له هغه سره پرتله کړئ چې دلته ښودل شوی، یا د همدې هش د VirusTotal راپور پرانیزئ.
PerlPrimer د winget په مرسته څنګه نصب کړم؟
PowerShell یا Windows Terminal پرانیزئ او هغه winget کمانډ وچلوئ چې په دې پاڼه کې ښودل شوی. winget رسمي نصبوونکی ډاونلوډوي او له چلولو مخکې یې SHA256 هش ګوري.
ایا PerlPrimer په چوپه توګه نصبېدای شي؟
هو. د چوپه نصب پاڼه د هر نصبوونکي دقیق کمانډ ښیي.
ایا PerlPrimer په ARM (Windows on Arm) چلېږي؟
ARM64 نسخه نشته؛ Windows 11 on Arm کولی شي د 32-bit نسخه د ایمولېشن له لارې وچلوي.