PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
توضیحات ناشر (انگلیسی)
PerlPrimer چیست؟
PerlPrimer یک نرم‌افزار متن‌باز برای ویندوز از Owen Marshall است.
نصب و پیش‌نیازها
فایل‌های نصب رسمی برای ۳۲ بیتی در قالب EXE (NSIS) موجود است. حجم فایل نصب اصلی ۳٫۴ مگابایت است. نصب آن به دسترسی مدیر (Administrator) نیاز دارد. نصب‌کننده از نصب خودکار و بی‌صدا، بدون دخالت کاربر، پشتیبانی می‌کند.
محبوبیت و انواع فایل
در ویندوز ۱ نوع فایل را ثبت می‌کند، از جمله .ppr.
نقاط قوت / نقاط ضعف
نقاط قوت
- متن‌باز: هر کسی می‌تواند کد را بررسی و کامپایل کند
- نصب بی‌صدای مستند
- حجم دانلود کم (۳٫۴ مگابایت)
نقاط ضعف
- بدون نسخه بومی ARM64
- فقط ۳۲ بیتی
- نصب به دسترسی مدیر نیاز دارد
- بیش از یک سال بدون به‌روزرسانی
به طور خلاصه: PerlPrimer ابزاری متن‌باز برای ویندوز برای رایانه‌های ۳۲ بیتی است. روند به‌روزرسانی آن کند شده است. مدیران سیستم می‌توانند آن را بدون دخالت کاربر توزیع کنند.
آیا دانلود PerlPrimer امن است؟
- فایل از sourceforge.net، دامنه خود ناشر، ارائه می‌شود
- لینک دانلود از HTTPS استفاده می‌کند
- هش SHA256 منتشر شده است و می‌توانید فایل را بررسی کنید:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· گزارش VirusTotal این هش را باز کنید - لینک در آخرین بررسی پاسخ داد (۳۰ مهر ۱۴۰۵)
- کد منبع عمومی است
- ExeAtlas فایل‌های نصب را میزبانی، بسته‌بندی یا تغییر نمی‌دهد
آموزش مرتبط: بررسی هش SHA256 فایل در ویندوز
نسخه‌های اخیر
همه ۱ نسخه ›| نسخه | تاریخ | حجم | فایل‌ها |
|---|---|---|---|
| 1.1.21آخرین | ۳۰ آبان ۱۳۹۰ | ۳٫۴ مگابایت | ۳۲ بیتی EXE (NSIS) |
نصب از خط فرمان
نصب بی‌صدا ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sآموزش مرتبط: آموزش winget: نصب و به‌روزرسانی نرم‌افزار در ویندوز
اطلاعات
- ناشر
- Owen Marshall
- مجوز
- GPL-2.0-or-later
- قیمت
- رایگان
- پیش‌نیاز
- Windows 11 / 10
- معماری
- ۳۲ بیتی
- نوع نصب‌کننده
- EXE (NSIS)
- نسخه
- 1.1.21
- تاریخ انتشار
- ۳۰ آبان ۱۳۹۰
- تاریخ افزودن به فهرست
- ۱۱ مرداد ۱۴۰۴
- نسخه‌های فهرست‌شده
- 1
- وب‌سایت رسمی
- perlprimer.sourceforge.net
- شناسه winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
انواع فایلی که باز می‌کند (1)
امتیازها و نظرها
هنوز نظری ثبت نشده است. نخستین امتیاز را شما بدهید.
پرسش‌های متداول
آیا PerlPrimer رایگان است؟
بله. PerlPrimer نرم‌افزاری متن‌باز با مجوز GPL-2.0-or-later است.
آیا دانلود PerlPrimer امن است؟
فایل از sourceforge.net که متعلق به خود ناشر است دانلود می‌شود؛ ExeAtlas فایل را میزبانی یا تغییر نمی‌دهد. هش SHA256 فایل را با هش نمایش‌داده‌شده در این صفحه مقایسه کنید یا گزارش VirusTotal همین هش را باز کنید.
چگونه PerlPrimer را با winget نصب کنیم؟
PowerShell یا Windows Terminal را باز کنید و دستور winget نمایش‌داده‌شده در این صفحه را اجرا کنید. winget فایل نصب رسمی را دانلود می‌کند و پیش از اجرا، هش SHA256 آن را بررسی می‌کند.
آیا می‌توان PerlPrimer را بی‌صدا نصب کرد؟
بله. صفحه نصب بی‌صدا دستور دقیق هر نصب‌کننده را نشان می‌دهد.
آیا PerlPrimer روی ARM (Windows on Arm) اجرا می‌شود؟
نسخه ARM64 وجود ندارد؛ Windows 11 on Arm می‌تواند نسخه ۳۲ بیتی را با شبیه‌سازی اجرا کند.