PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Utgiverens beskrivelse (engelsk)
Hva er PerlPrimer?
PerlPrimer er et program med åpen kildekode for Windows, utgitt av Owen Marshall.
Installasjon og systemkrav
Det finnes offisielle installasjonsfiler for 32-bit i formatet EXE (NSIS). Hovedinstallasjonsfilen er på 3,4 MB. Installasjonen krever administratorrettigheter. Installasjonsfilen støtter installasjon uten tilsyn og uten spørsmål.
Popularitet og filtyper
I Windows registrerer det 1 filtype, blant annet .ppr.
Fordeler / Ulemper
Fordeler
- Åpen kildekode: hvem som helst kan se gjennom og bygge koden
- Dokumentert stille installasjon
- Liten nedlasting (3,4 MB)
Ulemper
- Ingen egen ARM64-versjon
- Bare 32-bit
- Installasjonen krever administratorrettigheter
- Ingen oppdatering på over ett år
Kort sagt: PerlPrimer er et verktøy med åpen kildekode for Windows for PC-er med 32-bit. Oppdateringene har blitt sjeldnere. Administratorer kan distribuere det uten tilsyn.
Er det trygt å laste ned PerlPrimer?
- Filen leveres av sourceforge.net, utgiverens eget domene
- Nedlastingslenken bruker HTTPS
- En SHA256-sum er publisert, så du kan kontrollere filen:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Åpne VirusTotal-rapporten for denne sjekksummen - Lenken svarte da vi sist sjekket den (22. oktober 2026)
- Kildekoden er offentlig
- ExeAtlas lagrer, pakker inn eller endrer aldri installasjonsfiler
Relatert veiledning: Slik sjekker du SHA256-summen til en fil i Windows
Nyeste versjoner
Alle 1 versjon ›| Versjon | Dato | Størrelse | Filer |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Nyeste | 21. november 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Installer fra kommandolinjen
Stille installasjon ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SRelatert veiledning: winget: installer og oppdater programmer i Windows
Informasjon
- Utgiver
- Owen Marshall
- Lisens
- GPL-2.0-or-later
- Pris
- Gratis
- Krav
- Windows 11 / 10
- Arkitektur
- 32-bit
- Installasjonsfil
- EXE (NSIS)
- Versjon
- 1.1.21
- Utgitt
- 21. november 2011
- Lagt til i katalogen
- 2. august 2025
- Registrerte versjoner
- 1
- Nettsted
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Filtyper programmet åpner (1)
Vurderinger og anmeldelser
Ingen anmeldelser ennå. Bli den første til å gi en vurdering.
Ofte stilte spørsmål
Er PerlPrimer gratis?
Ja. PerlPrimer er programvare med åpen kildekode under lisensen GPL-2.0-or-later.
Er det trygt å laste ned PerlPrimer?
Filen lastes ned fra sourceforge.net, som tilhører utgiveren; ExeAtlas verken lagrer eller endrer den. Sammenlign SHA256-summen for filen med den som vises her, eller åpne VirusTotal-rapporten for sjekksummen.
Hvordan installerer jeg PerlPrimer med winget?
Åpne PowerShell eller Windows Terminal og kjør winget-kommandoen som vises på denne siden. winget laster ned den offisielle installasjonsfilen og kontrollerer SHA256-summen før den kjøres.
Kan PerlPrimer installeres i stillhet?
Ja. Siden om stille installasjon viser den nøyaktige kommandoen for hver installasjonsfil.
Kjører PerlPrimer på ARM (Windows on Arm)?
Det finnes ingen ARM64-versjon; Windows 11 on Arm kan kjøre versjonen for 32-bit gjennom emulering.