PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Beskrywing deur die uitgewer (Engels)
Wat is PerlPrimer?
PerlPrimer is ’n oopbronprogram vir Windows, uitgegee deur Owen Marshall.
Installasie en vereistes
Daar is amptelike installeerders vir 32-bis in die vorm van EXE (NSIS). Die hoofinstalleerder is 3,4 MB groot. Die installasie vra administrateurregte. Die installeerder ondersteun onbewaakte (stil) installasie.
Gewildheid en lêertipes
Op Windows registreer dit een lêertipe, waaronder .ppr.
Voordele / Nadele
Voordele
- Oopbron: enigeen kan die kode nagaan en self bou
- Gedokumenteerde stil installasie
- Klein aflaai (3,4 MB)
Nadele
- Geen inheemse ARM64-weergawe nie
- Net 32-bis
- Installasie vereis administrateurregte
- Al meer as ’n jaar geen bywerking nie
Kortliks: PerlPrimer is ’n oopbronprogram vir 32-bis rekenaars. Bywerkings het verlangsaam. Administrateurs kan dit onbewaak ontplooi.
Is dit veilig om PerlPrimer af te laai?
- Die lêer word bedien deur sourceforge.net, die uitgewer se eie domein
- Die aflaaiskakel gebruik HTTPS
- ’n SHA256-hashwaarde is gepubliseer, sodat die lêer nagegaan kan word:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Maak die VirusTotal-verslag vir hierdie hashwaarde oop - Die skakel het gereageer toe ons dit laas nagegaan het (22 Oktober 2026)
- Die bronkode is openbaar
- ExeAtlas huisves, omvou of verander geen installeerders nie
Verwante gids: Hoe om ’n lêer se SHA256-hashwaarde op Windows na te gaan
Onlangse weergawes
Al 1 weergawes ›| Weergawe | Datum | Grootte | Lêers |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Nuutste | 21 November 2011 | 3,4 MB | 32-bis EXE (NSIS) |
Installeer vanaf die opdragreël
Stil installasie ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SVerwante gids: Hoe om winget te gebruik: programme installeer en bywerk
Inligting
- Uitgewer
- Owen Marshall
- Lisensie
- GPL-2.0-or-later
- Prys
- Gratis
- Vereis
- Windows 11 / 10
- Argitektuur
- 32-bis
- Installeerder
- EXE (NSIS)
- Weergawe
- 1.1.21
- Vrygestel
- 21 November 2011
- By die katalogus gevoeg
- 02 Augustus 2025
- Weergawes gelys
- 1
- Webwerf
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Lêertipes wat dit oopmaak (1)
Graderings en resensies
Nog geen resensies nie. Wees die eerste om dit te gradeer.
Algemene vrae
Is PerlPrimer gratis?
Ja. PerlPrimer is oopbronsagteware onder die GPL-2.0-or-later-lisensie.
Is dit veilig om PerlPrimer af te laai?
Die aflaai kom van sourceforge.net, wat aan die uitgewer behoort; ExeAtlas huisves of verander nie die lêer nie. Vergelyk die SHA256-hashwaarde daarvan met die een wat hier gewys word, of maak die VirusTotal-verslag vir daardie hashwaarde oop.
Hoe installeer ek PerlPrimer met winget?
Maak PowerShell of Windows Terminal oop en voer die winget-opdrag op hierdie bladsy uit. winget laai die amptelike installeerder af en gaan die SHA256-hashwaarde na voordat dit uitgevoer word.
Kan PerlPrimer stil geïnstalleer word?
Ja. Die bladsy oor stil installasie gee die presiese opdrag vir elke installeerder.
Werk PerlPrimer op ARM (Windows on Arm)?
Daar is geen ARM64-weergawe nie; Windows 11 on Arm kan die 32-bis-weergawe via emulasie laat loop.