PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Naşirin təsviri (ingilis)
PerlPrimer nədir?
PerlPrimer Owen Marshall naşirinin buraxdığı açıq mənbəli Windows proqramıdır.
Quraşdırma və tələblər
Rəsmi quraşdırma faylları 32 bit Windows üçün EXE (NSIS) formatında təqdim olunur. Əsas quraşdırma faylının ölçüsü: 3,4 MB. Quraşdırma administrator hüquqları tələb edir. Quraşdırma faylı sual vermədən (səssiz) quraşdırmanı dəstəkləyir.
Populyarlıq və fayl növləri
Windows-da 1 fayl növünü qeydiyyata alır, o cümlədən .ppr.
Üstünlüklər / Çatışmazlıqlar
Üstünlüklər
- Açıq mənbə: kodu hər kəs yoxlaya və yığa bilər
- Sənədləşdirilmiş səssiz quraşdırma
- Kiçik yükləmə ölçüsü (3,4 MB)
Çatışmazlıqlar
- Yerli ARM64 versiyası yoxdur
- Yalnız 32 bit
- Quraşdırma administrator hüquqları tələb edir
- Bir ildən çoxdur yenilənməyib
Qısaca: PerlPrimer 32 bit kompüterlər üçün açıq mənbəli Windows alətidir. Yeniləmələri seyrəlib. Sistem administratorları onu sual vermədən yaya bilər.
PerlPrimer proqramını yükləmək təhlükəsizdirmi?
- Fayl naşirin öz domenindən (sourceforge.net) gəlir
- Yükləmə keçidi HTTPS istifadə edir
- SHA256 heşi dərc olunub, faylı yoxlaya bilərsiniz:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Bu heş üçün VirusTotal hesabatını açın - Keçid son yoxlamada cavab verdi (22 oktyabr 2026)
- Mənbə kodu açıqdır
- ExeAtlas quraşdırma fayllarını saxlamır, bükmür və dəyişmir
Əlaqəli təlimat: Windows-da faylın SHA256 heşini necə yoxlamaq olar
Son versiyalar
Bütün 1 versiya ›| Versiya | Tarix | Ölçü | Fayllar |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Son versiya | 21 noyabr 2011 | 3,4 MB | 32 bit EXE (NSIS) |
Əmr sətrindən quraşdırma
Səssiz quraşdırma ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SƏlaqəli təlimat: winget necə istifadə olunur: quraşdırma və yeniləmə
Məlumat
- Naşir
- Owen Marshall
- Lisenziya
- GPL-2.0-or-later
- Qiymət
- Pulsuz
- Tələb
- Windows 11 / 10
- Arxitektura
- 32 bit
- Quraşdırma növü
- EXE (NSIS)
- Versiya
- 1.1.21
- Buraxılış tarixi
- 21 noyabr 2011
- Kataloqa əlavə olunub
- 2 avqust 2025
- Qeydə alınmış versiya
- 1
- Rəsmi sayt
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Açdığı fayl növləri (1)
Qiymətlər və rəylər
Hələ rəy yoxdur. İlk qiyməti siz verin.
Tez-tez verilən suallar
PerlPrimer pulsuzdurmu?
Bəli. PerlPrimer açıq mənbəli proqramdır (GPL-2.0-or-later lisenziyası).
PerlPrimer proqramını yükləmək təhlükəsizdirmi?
Fayl sourceforge.net ünvanından yüklənir; bu ünvan naşirə məxsusdur. ExeAtlas faylı saxlamır və dəyişmir. Yüklədiyiniz faylın SHA256 heşini burada göstərilənlə müqayisə edə və ya bu heş üçün VirusTotal hesabatını aça bilərsiniz.
PerlPrimer proqramı winget ilə necə quraşdırılır?
PowerShell və ya Windows Terminal açın və bu səhifədəki winget əmrini işə salın. winget rəsmi quraşdırma faylını yükləyir və işə salmazdan əvvəl SHA256 heşini yoxlayır.
PerlPrimer proqramını səssiz quraşdırmaq olarmı?
Bəli. Səssiz quraşdırma səhifəsində hər quraşdırma faylı üçün dəqiq əmr var.
PerlPrimer ARM prosessorda (Windows on Arm) işləyirmi?
ARM64 versiyası yoxdur; Windows 11 on Arm 32 bit versiyasını emulyasiya ilə işə sala bilər.