PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Descripció del desenvolupador (anglès)
Què és PerlPrimer?
PerlPrimer és un programa de codi obert per a Windows, publicat per Owen Marshall.
Instal·lació i requisits
Hi ha instal·ladors oficials per a 32 bits en format EXE (NSIS). L’instal·lador principal ocupa 3,4 MB. La instal·lació demana permisos d’administrador. L’instal·lador permet una instal·lació desatesa, sense finestres ni preguntes.
Popularitat i tipus de fitxer
A Windows registra 1 tipus de fitxer, entre els quals .ppr.
Avantatges / Inconvenients
Avantatges
- Codi obert: qualsevol persona pot revisar i compilar el codi
- Instal·lació silenciosa documentada
- Baixada lleugera (3,4 MB)
Inconvenients
- Sense versió nativa per a ARM64
- Només 32 bits
- La instal·lació requereix permisos d’administrador
- Més d’un any sense actualitzacions
En resum: PerlPrimer és un programa de codi obert per a Windows, disponible per a ordinadors de 32 bits. Les actualitzacions s’han espaiat. Els administradors de sistemes el poden desplegar de manera desatesa.
És segur baixar PerlPrimer?
- El fitxer se serveix des de sourceforge.net, el domini del mateix desenvolupador
- L’enllaç de baixada fa servir HTTPS
- Hi ha un hash SHA256 publicat per verificar el fitxer:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Obre l’informe de VirusTotal d’aquest hash - L’enllaç va respondre en la darrera comprovació (22 d’octubre del 2026)
- El codi font és públic
- ExeAtlas no allotja, no embolcalla ni modifica instal·ladors
Guia relacionada: Com comprovar el hash SHA256 d’un fitxer a Windows
Versions recents
Una sola versió ›| Versió | Data | Mida | Fitxers |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Darrera | 21 de novembre del 2011 | 3,4 MB | 32 bits EXE (NSIS) |
Instal·lar des de la línia d’ordres
Instal·lació silenciosa ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SGuia relacionada: Com utilitzar winget: instal·lar i actualitzar
Informació
- Desenvolupador
- Owen Marshall
- Llicència
- GPL-2.0-or-later
- Preu
- Gratuït
- Requisits
- Windows 11 / 10
- Arquitectura
- 32 bits
- Instal·lador
- EXE (NSIS)
- Versió
- 1.1.21
- Data de publicació
- 21 de novembre del 2011
- Afegit al catàleg
- 2 d’agost del 2025
- Versions registrades
- 1
- Lloc web
- perlprimer.sourceforge.net
- ID de winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Tipus de fitxer que obre (1)
Valoracions i opinions
Encara no hi ha cap opinió.
Preguntes freqüents
PerlPrimer és gratuït?
Sí. PerlPrimer és programari de codi obert amb llicència GPL-2.0-or-later.
És segur baixar PerlPrimer?
La baixada prové de sourceforge.net, un domini del mateix desenvolupador. ExeAtlas no allotja ni modifica el fitxer. Se’n pot comparar el hash SHA256 amb el que apareix aquí o obrir l’informe de VirusTotal d’aquest hash.
Com s’instal·la PerlPrimer amb winget?
Només cal obrir PowerShell o el Terminal del Windows i executar l’ordre winget que figura en aquesta pàgina. winget baixa l’instal·lador oficial i en comprova el hash SHA256 abans d’executar-lo.
Es pot instal·lar PerlPrimer en mode silenciós?
Sí. La pàgina d’instal·lació silenciosa recull l’ordre exacta per a cada instal·lador.
PerlPrimer funciona en ARM (Windows on Arm)?
No hi ha versió per a ARM64; Windows 11 on Arm pot executar la versió de 32 bits per emulació.