PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Udgiverens beskrivelse (engelsk)
Hvad er PerlPrimer?
PerlPrimer er et Windows-program med åben kildekode fra Owen Marshall.
Installation og systemkrav
Der findes officielle installationsfiler til 32-bit i formatet EXE (NSIS). Den primære installationsfil fylder 3,4 MB. Installationen kræver administratorrettigheder. Installationsfilen understøtter uovervåget installation uden spørgsmål (silent install).
Popularitet og filtyper
I Windows registrerer programmet én filtype, blandt andet .ppr.
Fordele / Ulemper
Fordele
- Open source: alle kan gennemse og kompilere koden
- Dokumenteret lydløs installation
- Lille download (3,4 MB)
Ulemper
- Ingen indbygget ARM64-version
- Kun 32-bit
- Installationen kræver administratorrettigheder
- Ingen opdatering i over et år
Kort sagt: PerlPrimer er et værktøj med åben kildekode til Windows til pc’er med 32-bit. Opdateringerne er blevet sjældnere. Administratorer kan udrulle det uovervåget.
Er det sikkert at downloade PerlPrimer?
- Filen leveres af sourceforge.net, udgiverens eget domæne
- Downloadlinket bruger HTTPS
- Der er offentliggjort en SHA256-hash, så du kan kontrollere filen:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Åbn VirusTotal-rapporten for denne hash - Linket svarede ved seneste kontrol (22. oktober 2026)
- Kildekoden er offentlig
- ExeAtlas hoster, indpakker eller ændrer ikke installationsfiler
Relateret vejledning: Sådan tjekker du en fils SHA256-hash i Windows
Nyeste versioner
Alle 1 versioner ›| Version | Dato | Størrelse | Filer |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Nyeste | 21. november 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Installér fra kommandolinjen
Lydløs installation ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SRelateret vejledning: winget: installer og opdater programmer i Windows
Information
- Udgiver
- Owen Marshall
- Licens
- GPL-2.0-or-later
- Pris
- Gratis
- Kræver
- Windows 11 / 10
- Arkitektur
- 32-bit
- Installationsfil
- EXE (NSIS)
- Version
- 1.1.21
- Udgivet
- 21. november 2011
- I kataloget siden
- 2. august 2025
- Registrerede versioner
- 1
- Websted
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-id
- OwenMarshall.PerlPrimer
Filtyper, som programmet åbner (1)
Bedømmelser og anmeldelser
Ingen anmeldelser endnu. Vær den første til at bedømme programmet.
Ofte stillede spørgsmål
Er PerlPrimer gratis?
Ja. PerlPrimer er open source-software under licensen GPL-2.0-or-later.
Er det sikkert at downloade PerlPrimer?
Filen kommer fra sourceforge.net, som tilhører udgiveren; ExeAtlas hoster eller ændrer den ikke. Sammenlign filens SHA256-hash med den, der vises her, eller åbn VirusTotal-rapporten for hashen.
Hvordan installerer jeg PerlPrimer med winget?
Åbn PowerShell eller Windows Terminal, og kør winget-kommandoen, der vises på denne side. winget downloader den officielle installationsfil og kontrollerer SHA256-hashen, før den køres.
Kan PerlPrimer installeres lydløst?
Ja. Siden om lydløs installation viser den præcise kommando for hver installationsfil.
Kører PerlPrimer på ARM (Windows on Arm)?
Der findes ingen ARM64-version; Windows 11 on Arm kan køre versionen til 32-bit via emulering.