PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
پبلشر کی وضاحت (انگریزی)
PerlPrimer کیا ہے؟
PerlPrimer، جسے Owen Marshall جاری کرتا ہے، Windows کے لیے ایک اوپن سورس پروگرام ہے۔
انسٹالیشن اور سسٹم کی ضروریات
32 بٹ کے لیے سرکاری انسٹالر موجود ہیں (EXE (NSIS))۔ مرکزی انسٹالر کا سائز 3.4 MB ہے۔ انسٹالیشن کے دوران ایڈمنسٹریٹر کی اجازت درکار ہوتی ہے۔ انسٹالر بغیر کسی سوال کے، یعنی خاموش انسٹالیشن کی سہولت دیتا ہے۔
مقبولیت اور فائل اقسام
Windows پر یہ 1 فائل قسم رجسٹر کرتا ہے، مثلاً .ppr۔
خوبیاں / خامیاں
خوبیاں
- اوپن سورس: کوئی بھی کوڈ دیکھ اور بِلڈ کر سکتا ہے
- دستاویزی خاموش انسٹالیشن
- چھوٹا ڈاؤن لوڈ (3.4 MB)
خامیاں
- نیٹو ARM64 ورژن موجود نہیں
- صرف 32 بٹ
- انسٹالیشن کے لیے ایڈمنسٹریٹر کی اجازت درکار
- ایک سال سے زیادہ عرصے سے کوئی اپ ڈیٹ نہیں
خلاصہ: PerlPrimer Windows کا ایک اوپن سورس ٹول ہے جو 32 بٹ کمپیوٹرز کے لیے دستیاب ہے۔ اس کی اپ ڈیٹس سست پڑ گئی ہیں۔ ایڈمنسٹریٹر اسے بغیر کسی مداخلت کے انسٹال کروا سکتے ہیں۔
کیا PerlPrimer ڈاؤن لوڈ کرنا محفوظ ہے؟
- فائل sourceforge.net سے آتی ہے، جو پبلشر کا اپنا ڈومین ہے
- ڈاؤن لوڈ لنک HTTPS استعمال کرتا ہے
- SHA256 ہیش شائع شدہ ہے، اس لیے آپ فائل کی تصدیق کر سکتے ہیں:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· اس ہیش کی VirusTotal رپورٹ کھولیں - پچھلی جانچ میں لنک نے جواب دیا (22 اکتوبر، 2026)
- سورس کوڈ عوامی طور پر دستیاب ہے
- ExeAtlas انسٹالرز کو نہ ہوسٹ کرتا ہے، نہ ریپ کرتا ہے اور نہ ان میں تبدیلی کرتا ہے
متعلقہ گائیڈ: Windows میں فائل کا SHA256 ہیش کیسے چیک کریں
حالیہ ورژن
تمام 1 ورژن ›| ورژن | تاریخ | سائز | فائلیں |
|---|---|---|---|
| 1.1.21تازہ ترین | 21 نومبر، 2011 | 3.4 MB | 32 بٹ EXE (NSIS) |
کمانڈ لائن سے انسٹالیشن
خاموش انسٹالیشن ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sمتعلقہ گائیڈ: winget کا استعمال: پروگرام انسٹال اور اپ ڈیٹ کریں
معلومات
- پبلشر
- Owen Marshall
- لائسنس
- GPL-2.0-or-later
- قیمت
- مفت
- ضرورت
- Windows 11 / 10
- آرکیٹیکچر
- 32 بٹ
- انسٹالر
- EXE (NSIS)
- ورژن
- 1.1.21
- تاریخِ اجرا
- 21 نومبر، 2011
- فہرست میں شامل
- 2 اگست، 2025
- درج ورژن
- 1
- ویب سائٹ
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
کھلنے والی فائل اقسام (1)
ریٹنگز اور تبصرے
ابھی کوئی تبصرہ نہیں۔ سب سے پہلے آپ ریٹ کریں۔
اکثر پوچھے جانے والے سوالات
کیا PerlPrimer مفت ہے؟
جی ہاں۔ PerlPrimer اوپن سورس سافٹ ویئر ہے (GPL-2.0-or-later لائسنس)۔
کیا PerlPrimer ڈاؤن لوڈ کرنا محفوظ ہے؟
فائل sourceforge.net سے آتی ہے، جو پبلشر کا اپنا ڈومین ہے؛ ExeAtlas نہ فائل ہوسٹ کرتا ہے نہ اس میں کوئی تبدیلی کرتا ہے۔ اس کا SHA256 ہیش یہاں دکھائے گئے ہیش سے ملائیں، یا اس ہیش کی VirusTotal رپورٹ کھولیں۔
winget سے PerlPrimer کیسے انسٹال کریں؟
PowerShell یا Windows Terminal کھولیں اور اس صفحے پر دی گئی winget کمانڈ چلائیں۔ winget سرکاری انسٹالر ڈاؤن لوڈ کرتا ہے اور چلانے سے پہلے اس کا SHA256 ہیش جانچتا ہے۔
کیا PerlPrimer کی خاموش انسٹالیشن ممکن ہے؟
جی ہاں۔ خاموش انسٹالیشن کے صفحے پر ہر انسٹالر کی درست کمانڈ دی گئی ہے۔
کیا PerlPrimer ARM (Windows on Arm) پر چلتا ہے؟
ARM64 ورژن موجود نہیں؛ Windows 11 on Arm ایمولیشن کے ذریعے 32 بٹ ورژن چلا سکتا ہے۔