PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Beschrijving van de uitgever (Engels)
Wat is PerlPrimer?
PerlPrimer is een opensource Windows-programma van Owen Marshall.
Installatie en systeemeisen
Er zijn officiële installatiebestanden voor 32-bits in de vorm van EXE (NSIS). Het hoofdinstallatiebestand is 3,4 MB groot. Voor de installatie zijn beheerdersrechten nodig. De installer ondersteunt een onbeheerde (stille) installatie.
Populariteit en bestandstypen
Onder Windows registreert het programma één bestandstype, waaronder .ppr.
Voordelen / Nadelen
Voordelen
- Open source: iedereen kan de code inzien en zelf compileren
- Gedocumenteerde stille installatie
- Kleine download (3,4 MB)
Nadelen
- Geen native ARM64-versie
- Alleen 32-bits
- Installatie vereist beheerdersrechten
- Al meer dan een jaar geen update
Kort gezegd: PerlPrimer is een opensource tool voor Windows voor pc’s met 32-bits. De updates zijn minder frequent geworden. Beheerders kunnen het onbeheerd uitrollen.
Is PerlPrimer veilig om te downloaden?
- Het bestand komt van sourceforge.net, een domein van de uitgever zelf
- De downloadlink gebruikt HTTPS
- Er is een SHA256-hash gepubliceerd, dus het bestand is te controleren:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Open het VirusTotal-rapport voor deze hash - De link reageerde bij de laatste controle (22 oktober 2026)
- De broncode is openbaar
- ExeAtlas host, verpakt of wijzigt geen installers
Gerelateerde handleiding: SHA256-hash van een bestand controleren in Windows
Recente versies
Alle 1 versies ›| Versie | Datum | Grootte | Bestanden |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Nieuwste | 21 november 2011 | 3,4 MB | 32-bits EXE (NSIS) |
Installeren via de opdrachtregel
Stille installatie ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SGerelateerde handleiding: winget gebruiken: programma’s installeren en updaten
Informatie
- Uitgever
- Owen Marshall
- Licentie
- GPL-2.0-or-later
- Prijs
- Gratis
- Vereist
- Windows 11 / 10
- Architectuur
- 32-bits
- Installer
- EXE (NSIS)
- Versie
- 1.1.21
- Uitgebracht
- 21 november 2011
- Toegevoegd aan de catalogus
- 2 augustus 2025
- Versies in de lijst
- 1
- Website
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Bestandstypen die het opent (1)
Beoordelingen en reviews
Nog geen reviews. Geef als eerste een beoordeling.
Veelgestelde vragen
Is PerlPrimer gratis?
Ja. PerlPrimer is opensourcesoftware onder de licentie GPL-2.0-or-later.
Is PerlPrimer veilig om te downloaden?
Het bestand komt van sourceforge.net, een domein van de uitgever zelf; ExeAtlas host of wijzigt het niet. Vergelijk de SHA256-hash van het gedownloade bestand met de hash op deze pagina, of open het VirusTotal-rapport voor die hash.
Hoe wordt PerlPrimer met winget geïnstalleerd?
Open PowerShell of Windows Terminal en voer het winget-commando van deze pagina uit. winget downloadt de officiële installer en controleert de SHA256-hash voordat die wordt gestart.
Kan PerlPrimer stil (silent) worden geïnstalleerd?
Ja. De pagina over stille installatie geeft per installer het exacte commando.
Werkt PerlPrimer op ARM (Windows on Arm)?
Er is geen ARM64-versie; Windows 11 on Arm kan de versie voor 32-bits via emulatie draaien.