PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Mô tả của nhà phát hành (Tiếng Anh)
PerlPrimer là gì?
PerlPrimer là phần mềm mã nguồn mở dành cho Windows do Owen Marshall phát hành.
Cài đặt và yêu cầu hệ thống
Bộ cài chính thức có sẵn cho Windows 32-bit ở định dạng EXE (NSIS). Dung lượng bộ cài chính: 3,4 MB. Quá trình cài đặt yêu cầu quyền quản trị viên. Bộ cài hỗ trợ cài đặt im lặng, không cần thao tác của người dùng.
Mức độ phổ biến và loại file
Trên Windows, phần mềm đăng ký 1 loại file, trong đó có .ppr.
Ưu điểm / Nhược điểm
Ưu điểm
- Mã nguồn mở: ai cũng có thể xem và tự biên dịch
- Có tài liệu về cài đặt im lặng
- Dung lượng tải về nhỏ (3,4 MB)
Nhược điểm
- Chưa có bản ARM64 gốc
- Chỉ có bản 32-bit
- Cài đặt cần quyền quản trị viên
- Hơn một năm chưa có bản cập nhật
Tóm lại: PerlPrimer là phần mềm Windows mã nguồn mở dành cho máy tính 32-bit. Tần suất cập nhật đã chậm lại. Quản trị viên có thể triển khai tự động, không cần thao tác.
Tải PerlPrimer có an toàn không?
- Tệp được cung cấp từ sourceforge.net, tên miền của chính nhà phát hành
- Liên kết tải về dùng HTTPS
- Có công bố mã SHA256 để kiểm tra tệp:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Mở báo cáo VirusTotal cho mã băm này - Liên kết phản hồi ở lần kiểm tra gần nhất (22 tháng 10, 2026)
- Mã nguồn được công khai
- ExeAtlas không lưu trữ, không đóng gói kèm và không chỉnh sửa bộ cài
Hướng dẫn liên quan: Cách kiểm tra mã SHA256 của file trên Windows
Phiên bản gần đây
Tất cả 1 phiên bản ›| Phiên bản | Ngày | Dung lượng | Tệp |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Mới nhất | 21 tháng 11, 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Cài đặt bằng dòng lệnh
Cài đặt im lặng ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SHướng dẫn liên quan: Cách dùng winget để cài đặt và cập nhật phần mềm
Thông tin
- Nhà phát hành
- Owen Marshall
- Giấy phép
- GPL-2.0-or-later
- Giá
- Miễn phí
- Yêu cầu
- Windows 11 / 10
- Kiến trúc
- 32-bit
- Loại bộ cài
- EXE (NSIS)
- Phiên bản
- 1.1.21
- Ngày phát hành
- 21 tháng 11, 2011
- Ngày thêm vào danh mục
- 2 tháng 8, 2025
- Số phiên bản
- 1
- Trang chủ
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Các loại file hỗ trợ (1)
Đánh giá và nhận xét
Chưa có nhận xét nào. Hãy là người đầu tiên đánh giá.
Câu hỏi thường gặp
PerlPrimer có miễn phí không?
Có. PerlPrimer là phần mềm mã nguồn mở theo giấy phép GPL-2.0-or-later.
Tải PerlPrimer có an toàn không?
Tệp được tải từ sourceforge.net, tên miền thuộc về nhà phát hành; ExeAtlas không lưu trữ và không chỉnh sửa tệp. Hãy so sánh mã SHA256 của tệp đã tải với mã hiển thị trên trang này, hoặc mở báo cáo VirusTotal cho mã băm đó.
Cài đặt PerlPrimer bằng winget như thế nào?
Mở PowerShell hoặc Windows Terminal và chạy lệnh winget hiển thị trên trang này. winget sẽ tải bộ cài chính thức và kiểm tra mã SHA256 trước khi chạy.
PerlPrimer có hỗ trợ cài đặt im lặng không?
Có. Trang cài đặt im lặng liệt kê lệnh chính xác cho từng bộ cài.
PerlPrimer có chạy trên máy ARM (Windows on Arm) không?
Chưa có bản ARM64; Windows 11 on Arm có thể chạy bản 32-bit thông qua giả lập.