PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Përshkrimi i botuesit (anglisht)
Çfarë është PerlPrimer?
PerlPrimer është një program me burim të hapur për Windows, nga Owen Marshall.
Instalimi dhe kërkesat
Ka instalues zyrtarë për 32-bit në formatin EXE (NSIS). Instaluesi kryesor ka madhësi 3,4 MB. Instalimi kërkon të drejta administratori. Instaluesi mbështet instalimin pa ndërhyrje (instalim i heshtur).
Popullariteti dhe llojet e skedarëve
Në Windows regjistron 1 lloj skedari, ndër to .ppr.
Pikat e forta / Pikat e dobëta
Pikat e forta
- Burim i hapur: kodin mund ta shqyrtojë dhe ta kompilojë kushdo
- Instalim i heshtur i dokumentuar
- Shkarkim i vogël (3,4 MB)
Pikat e dobëta
- Pa version vendas ARM64
- Vetëm 32-bit
- Instalimi kërkon të drejta administratori
- Pa përditësim për më shumë se një vit
Shkurtimisht: PerlPrimer është një mjet me burim të hapur për Windows, për kompjuterë 32-bit. Përditësimet janë rralluar. Administratorët mund ta shpërndajnë pa ndërhyrje.
A është i sigurt shkarkimi i PerlPrimer?
- Skedari shpërndahet nga sourceforge.net, domeni i vetë botuesit
- Lidhja e shkarkimit përdor HTTPS
- Është publikuar një hash SHA256, ndaj skedarin mund ta verifikoni:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Hapni raportin e VirusTotal për këtë hash - Lidhja u përgjigj në kontrollin e fundit (22 tetor 2026)
- Kodi burimor është publik
- ExeAtlas nuk ruan, nuk mbështjell dhe nuk ndryshon instalues
Udhëzues i lidhur: Si të kontrolloni hash-in SHA256 të një skedari
Versionet e fundit
Të gjitha versionet (1) ›| Versioni | Data | Madhësia | Skedarët |
|---|---|---|---|
| 1.1.21I fundit | 21 nëntor 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Instalimi nga rreshti i komandave
Instalim i heshtur ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SUdhëzues i lidhur: Si përdoret winget: instalimi dhe përditësimi i programeve
Informacion
- Botuesi
- Owen Marshall
- Licenca
- GPL-2.0-or-later
- Çmimi
- Falas
- Kërkon
- Windows 11 / 10
- Arkitektura
- 32-bit
- Instaluesi
- EXE (NSIS)
- Versioni
- 1.1.21
- Publikuar
- 21 nëntor 2011
- Shtuar në katalog
- 2 gusht 2025
- Versione në listë
- 1
- Faqja e internetit
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Llojet e skedarëve që hap (1)
Vlerësime dhe komente
Ende nuk ka komente. Bëhuni i pari që e vlerësoni.
Pyetjet më të shpeshta
A është PerlPrimer falas?
Po. PerlPrimer është softuer me burim të hapur me licencën GPL-2.0-or-later.
A është i sigurt shkarkimi i PerlPrimer?
Shkarkimi vjen nga sourceforge.net, që i përket botuesit; ExeAtlas nuk e ruan dhe nuk e ndryshon skedarin. Krahasoni hash-in SHA256 të tij me atë që tregohet këtu, ose hapni raportin e VirusTotal për këtë hash.
Si ta instaloj PerlPrimer me winget?
Hapni PowerShell ose Windows Terminal dhe ekzekutoni komandën winget që tregohet në këtë faqe. winget shkarkon instaluesin zyrtar dhe kontrollon hash-in SHA256 para se ta ekzekutojë.
A mund të instalohet PerlPrimer në heshtje?
Po. Faqja e instalimit të heshtur jep komandën e saktë për çdo instalues.
A funksionon PerlPrimer në ARM (Windows on Arm)?
Nuk ka version ARM64; Windows 11 on Arm mund ta ekzekutojë versionin 32-bit përmes emulimit.