PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
የአሳታሚው መግለጫ (እንግሊዝኛ)
PerlPrimer ምንድነው?
PerlPrimer በOwen Marshall የሚታተም ክፍት ምንጭ የWindows ፕሮግራም ነው።
መጫን እና የሚያስፈልጉ ነገሮች
ለ32-bit ይፋዊ ጫኚዎች በEXE (NSIS) ቅርጸት አሉ። ዋናው ጫኚ 3.4 MB ነው። መጫኑ የአስተዳዳሪ መብቶችን ይጠይቃል። ጫኚው ያለ ጥያቄ (ጸጥ ያለ) ጭነትን ይደግፋል።
ተወዳጅነት እና የፋይል አይነቶች
በWindows ላይ 1 የፋይል አይነት ይመዘግባል፤ ከነዚህም መካከል .ppr።
ጥቅሞች / ጉዳቶች
ጥቅሞች
- ክፍት ምንጭ፦ ማንኛውም ሰው ኮዱን መመርመር እና መገንባት ይችላል
- የተገለጸ ጸጥ ያለ ጭነት
- አነስተኛ የማውረጃ መጠን (3.4 MB)
ጉዳቶች
- የራሱ የARM64 ስሪት የለም
- 32-bit ብቻ
- መጫኑ የአስተዳዳሪ መብቶችን ይፈልጋል
- ከአንድ ዓመት በላይ ዝማኔ የለም
በአጭሩ: PerlPrimer ለ32-bit ኮምፒውተሮች የተሠራ ክፍት ምንጭ የWindows መሣሪያ ነው። ዝማኔዎቹ ቀንሰዋል። አስተዳዳሪዎች ያለ ጥያቄ ሊያሰማሩት ይችላሉ።
PerlPrimerን ማውረድ ደህንነቱ የተጠበቀ ነው?
- ፋይሉ የሚቀርበው ከsourceforge.net ነው፤ ይህ የአሳታሚው የራሱ ጎራ ነው
- የማውረጃ አገናኙ HTTPS ይጠቀማል
- የSHA256 ሃሽ ታትሟል፤ ስለዚህ ፋይሉን ማረጋገጥ ይችላሉ:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· ለዚህ ሃሽ የVirusTotal ሪፖርቱን ይክፈቱ - ለመጨረሻ ጊዜ ስናረጋግጥ አገናኙ ምላሽ ሰጥቷል (22 ኦክቶበር 2026)
- የምንጭ ኮዱ ለሕዝብ ክፍት ነው
- ExeAtlas ጫኚዎችን አያስተናግድም፣ አይጠቀልልም፣ አይቀይርም
ተዛማጅ መመሪያ: የፋይልን SHA256 ሃሽ በWindows ላይ እንዴት ማረጋገጥ ይቻላል
የቅርብ ጊዜ ስሪቶች
1 ስሪት ›| ስሪት | ቀን | መጠን | ፋይሎች |
|---|---|---|---|
| 1.1.21የቅርብ ጊዜ | 21 ኖቬምበር 2011 | 3.4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
ከትዕዛዝ መስመር ይጫኑ
ጸጥ ያለ ጭነት ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sተዛማጅ መመሪያ: winget እንዴት እንደሚጠቀሙ፦ ፕሮግራሞችን መጫን እና ማዘመን
መረጃ
- አሳታሚ
- Owen Marshall
- ፈቃድ
- GPL-2.0-or-later
- ዋጋ
- ነፃ
- የሚያስፈልገው
- Windows 11 / 10
- አርክቴክቸር
- 32-bit
- ጫኚ
- EXE (NSIS)
- ስሪት
- 1.1.21
- የተለቀቀበት
- 21 ኖቬምበር 2011
- ወደ ካታሎጉ የተጨመረበት
- 2 ኦገስት 2025
- የተዘረዘሩ ስሪቶች
- 1
- ድረ-ገጽ
- perlprimer.sourceforge.net
- የwinget መታወቂያ
- OwenMarshall.PerlPrimer
የሚከፍታቸው የፋይል አይነቶች (1)
ደረጃዎች እና ግምገማዎች
እስካሁን ምንም ግምገማ የለም። ደረጃ የሚሰጡ የመጀመሪያው ይሁኑ።
ተደጋግመው የሚጠየቁ ጥያቄዎች
PerlPrimer ነፃ ነው?
አዎ። PerlPrimer በGPL-2.0-or-later ፈቃድ የሚሰራጭ የክፍት ምንጭ ሶፍትዌር ነው።
PerlPrimerን ማውረድ ደህንነቱ የተጠበቀ ነው?
ፋይሉ የሚወርደው ከsourceforge.net ነው፤ ይህም የአሳታሚው የራሱ አገልጋይ ነው፤ ExeAtlas ፋይሉን አያስተናግድም፣ አይቀይርምም። የSHA256 ሃሹን እዚህ ከሚታየው ጋር ያነጻጽሩ፣ ወይም ለዚያ ሃሽ የVirusTotal ሪፖርቱን ይክፈቱ።
PerlPrimerን በwinget እንዴት መጫን ይቻላል?
PowerShell ወይም Windows Terminal ይክፈቱ እና በዚህ ገጽ ላይ የሚታየውን የwinget ትዕዛዝ ያስኪዱ። winget ይፋዊውን ጫኚ ያወርዳል፣ ከማስኬዱም በፊት የSHA256 ሃሹን ያረጋግጣል።
PerlPrimer በጸጥታ ሊጫን ይችላል?
አዎ። የጸጥ ያለ ጭነት ገጹ ለእያንዳንዱ ጫኚ ትክክለኛውን ትዕዛዝ ይዘረዝራል።
PerlPrimer በARM (Windows on Arm) ላይ ይሠራል?
የARM64 ስሪት የለም፤ Windows 11 on Arm የ32-bit ስሪቱን በኢምዩሌሽን ማስኬድ ይችላል።