PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Մշակողի նկարագրությունը (անգլերեն)
Ի՞նչ է PerlPrimer ծրագիրը
PerlPrimer — բաց կոդով ծրագիր Windows-ի համար։ Մշակողը՝ Owen Marshall։
Տեղադրում և համակարգային պահանջներ
Պաշտոնական տեղադրիչները հասանելի են 32-բիթ համակարգերի համար․ տեղադրիչի տեսակը՝ EXE (NSIS)։ Հիմնական տեղադրիչի չափը՝ 3,4 ՄԲ։ Տեղադրման համար անհրաժեշտ են ադմինիստրատորի իրավունքներ։ Տեղադրիչն աջակցում է լուռ տեղադրում՝ առանց օգտատիրոջ մասնակցության։
Հայտնիություն և ֆայլերի տեսակներ
Windows-ում ծրագիրը գրանցում է 1 տեսակի ֆայլ, այդ թվում՝ .ppr։
Առավելություններ / Թերություններ
Առավելություններ
- Բաց կոդ․ ցանկացած մեկը կարող է այն ստուգել և ինքնուրույն կառուցել
- Փաստաթղթավորված լուռ տեղադրում
- Փոքր տեղադրիչ (3,4 ՄԲ)
Թերություններ
- Բնիկ ARM64 կառուցվածք չկա
- Միայն 32-բիթ տարբերակ
- Տեղադրման համար անհրաժեշտ են ադմինիստրատորի իրավունքներ
- Ավելի քան մեկ տարի առանց թարմացման
Հակիրճ: PerlPrimer — բաց կոդով ծրագիր Windows-ի համար․ կառուցվածքներ՝ 32-բիթ։ Թարմացումներն ավելի հազվադեպ են դարձել։ Ադմինիստրատորները կարող են այն տարածել առանց օգտատիրոջ մասնակցության։
Արդյո՞ք անվտանգ է ներբեռնել PerlPrimer ծրագիրը
- Ֆայլը ներբեռնվում է մշակողի սեփական տիրույթից (sourceforge.net)
- Ներբեռնման հղումն օգտագործում է HTTPS
- Հրապարակված է SHA256 հեշ, ուստի ֆայլը կարելի է ստուգել:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Բացել այս հեշի VirusTotal հաշվետվությունը - Վերջին ստուգման ժամանակ հղումը պատասխանել է (22 հոկտեմբերի, 2026 թ.)
- Ելակետային կոդը բաց է
- ExeAtlas-ը տեղադրիչներ չի պահում, չի փաթեթավորում և չի փոփոխում
Առնչվող ուղեցույց: Ինչպես ստուգել ֆայլի SHA256 հեշը Windows-ում
Վերջին տարբերակները
Բոլոր 1 տարբերակները ›| Տարբերակ | Ամսաթիվ | Չափ | Ֆայլեր |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Վերջինը | 21 նոյեմբերի, 2011 թ. | 3,4 ՄԲ | 32-բիթ EXE (NSIS) |
Տեղադրում հրամանի տողից
Լուռ տեղադրում ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SԱռնչվող ուղեցույց: Ինչպես օգտագործել winget-ը՝ տեղադրում և թարմացում
Տեղեկություններ
- Մշակող
- Owen Marshall
- Լիցենզիա
- GPL-2.0-or-later
- Գին
- Անվճար
- Պահանջներ
- Windows 11 / 10
- Ճարտարապետություն
- 32-բիթ
- Տեղադրիչ
- EXE (NSIS)
- Տարբերակ
- 1.1.21
- Թողարկման ամսաթիվ
- 21 նոյեմբերի, 2011 թ.
- Ավելացվել է կատալոգ
- 02 օգոստոսի, 2025 թ.
- Տարբերակ կատալոգում
- 1
- Կայք
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Ինչ ֆայլեր է բացում (1)
Գնահատականներ և կարծիքներ
Կարծիքներ դեռ չկան։ Կարող եք առաջինը գնահատել։
Հաճախ տրվող հարցեր
Արդյո՞ք PerlPrimer ծրագիրն անվճար է
Այո։ PerlPrimer ծրագիրը բաց կոդով է (GPL-2.0-or-later լիցենզիա)․ այն կարելի է անվճար ներբեռնել և օգտագործել։
Արդյո՞ք անվտանգ է ներբեռնել PerlPrimer ծրագիրը
Ֆայլը ներբեռնվում է sourceforge.net սերվերից, որը պատկանում է մշակողին․ ExeAtlas-ը ֆայլը չի պահում և չի փոփոխում։ Համեմատեք ներբեռնված ֆայլի SHA256-ը այս էջում նշվածի հետ կամ բացեք այդ հեշի VirusTotal հաշվետվությունը։
Ինչպե՞ս տեղադրել PerlPrimer ծրագիրը winget-ով
Բացեք PowerShell-ը կամ Windows Terminal-ը և գործարկեք այս էջում նշված winget հրամանը։ winget-ը կներբեռնի պաշտոնական տեղադրիչը և գործարկելուց առաջ կստուգի դրա SHA256 հեշը։
Հնարավո՞ր է PerlPrimer ծրագրի լուռ տեղադրում
Այո։ Լուռ տեղադրման էջում նշված է յուրաքանչյուր տեղադրիչի ճշգրիտ հրամանը։
Աշխատո՞ւմ է PerlPrimer ծրագիրը ARM-ի վրա (Windows on Arm)
ARM64 կառուցվածք չկա․ Windows 11 on Arm-ը կարող է էմուլյացիայի միջոցով գործարկել 32-բիթ տարբերակը։