PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Julkaisijan kuvaus (englanti)
Mikä on PerlPrimer?
PerlPrimer on avoimen lähdekoodin Windows-ohjelma. Sen julkaisija on Owen Marshall.
Asennus ja järjestelmävaatimukset
Viralliset asennusohjelmat ovat saatavilla seuraaville: 32-bittinen, muodossa EXE (NSIS). Pääasennusohjelman koko on 3,4 Mt. Asennus vaatii järjestelmänvalvojan oikeudet. Asennusohjelma tukee valvomatonta asennusta ilman kysymyksiä.
Suosio ja tiedostotyypit
Windowsissa ohjelma rekisteröi 1 tiedostotyypin, muun muassa .ppr.
Plussat / Miinukset
Plussat
- Avoin lähdekoodi: kuka tahansa voi tarkastella koodia ja kääntää sen itse
- Dokumentoitu hiljainen asennus
- Pieni lataus (3,4 Mt)
Miinukset
- Ei natiivia ARM64-versiota
- Vain 32-bittinen
- Asennus vaatii järjestelmänvalvojan oikeudet
- Ei päivityksiä yli vuoteen
Lyhyesti: PerlPrimer on avoimen lähdekoodin Windows-työkalu (32-bittinen). Päivitykset ovat harventuneet. Järjestelmänvalvojat voivat jakaa sen valvomattomasti.
Onko PerlPrimer-ohjelman lataaminen turvallista?
- Tiedoston jakelee sourceforge.net, joka on julkaisijan oma verkkotunnus
- Latauslinkki käyttää HTTPS-yhteyttä
- SHA256-tiiviste on julkaistu, joten tiedoston voi tarkistaa:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Avaa tämän tiivisteen VirusTotal-raportti - Linkki vastasi viimeisimmässä tarkistuksessa (22. lokakuuta 2026)
- Lähdekoodi on julkinen
- ExeAtlas ei säilytä, kääri eikä muokkaa asennusohjelmia
Aiheeseen liittyvä opas: Näin tarkistat tiedoston SHA256-tiivisteen Windowsissa
Viimeisimmät versiot
Kaikki versiot (1) ›| Versio | Päivämäärä | Koko | Tiedostot |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Uusin | 21. marraskuuta 2011 | 3,4 Mt | 32-bittinen EXE (NSIS) |
Asennus komentoriviltä
Hiljainen asennus ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SAiheeseen liittyvä opas: winget-opas: ohjelmien asennus ja päivitys
Tiedot
- Julkaisija
- Owen Marshall
- Lisenssi
- GPL-2.0-or-later
- Hinta
- Ilmainen
- Vaatimukset
- Windows 11 / 10
- Arkkitehtuuri
- 32-bittinen
- Asennusohjelma
- EXE (NSIS)
- Versio
- 1.1.21
- Julkaistu
- 21. marraskuuta 2011
- Lisätty luetteloon
- 2. elokuuta 2025
- Versioita luettelossa
- 1
- Verkkosivusto
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-tunnus
- OwenMarshall.PerlPrimer
Tiedostotyypit, jotka se avaa (1)
Arviot ja arvostelut
Ei vielä arvosteluja. Anna ensimmäinen arvio.
Usein kysytyt kysymykset
Onko PerlPrimer ilmainen?
Kyllä. PerlPrimer on avoimen lähdekoodin ohjelmisto, lisenssi GPL-2.0-or-later.
Onko PerlPrimer-ohjelman lataaminen turvallista?
Tiedosto ladataan osoitteesta sourceforge.net, joka kuuluu julkaisijalle; ExeAtlas ei säilytä eikä muuta tiedostoa. Vertaa ladatun tiedoston SHA256-tiivistettä tällä sivulla näkyvään tai avaa tiivisteen VirusTotal-raportti.
Miten PerlPrimer asennetaan wingetillä?
Avaa PowerShell tai Windows Terminal ja suorita tällä sivulla näkyvä winget-komento. winget lataa virallisen asennusohjelman ja tarkistaa sen SHA256-tiivisteen ennen suorittamista.
Voiko PerlPrimer-ohjelman asentaa hiljaisesti?
Kyllä. Hiljaisen asennuksen sivulla on tarkka komento jokaiselle asennusohjelmalle.
Toimiiko PerlPrimer ARM-koneissa (Windows on Arm)?
ARM64-versiota ei ole; Windows 11 on Arm voi ajaa saatavilla olevan version (32-bittinen) emuloituna.