PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
ထုတ်ဝေသူ၏ ဖော်ပြချက် (အင်္ဂလိပ်)
PerlPrimer ဆိုတာ ဘာလဲ
PerlPrimer သည် Owen Marshall ထုတ်ဝေသော Windows အတွက် ပွင့်လင်းရင်းမြစ် ပရိုဂရမ် ဖြစ်ပါသည်။
ထည့်သွင်းခြင်းနှင့် လိုအပ်ချက်များ
တရားဝင် installer များကို 32-bit အတွက် EXE (NSIS) ပုံစံဖြင့် ရနိုင်ပါသည်။ ပင်မ installer ၏ အရွယ်အစားမှာ ၃.၄ MB ဖြစ်ပါသည်။ ထည့်သွင်းရာတွင် Administrator ခွင့် လိုအပ်ပါသည်။ Installer သည် လူမပါဘဲ အလိုအလျောက် (အသံတိတ်) ထည့်သွင်းခြင်းကို ပံ့ပိုးပါသည်။
လူကြိုက်များမှုနှင့် ဖိုင်အမျိုးအစားများ
Windows တွင် ဖိုင်အမျိုးအစား ၁ မျိုးကို မှတ်ပုံတင်ပါသည် (.ppr အပါအဝင်)။
အားသာချက်များ / အားနည်းချက်များ
အားသာချက်များ
- ပွင့်လင်းရင်းမြစ် - code ကို မည်သူမဆို စစ်ဆေး၍ build လုပ်နိုင်သည်
- အသံတိတ်ထည့်သွင်းခြင်းကို မှတ်တမ်းတင်ထားသည်
- ဒေါင်းလုဒ်ဖိုင် သေးငယ်သည် (၃.၄ MB)
အားနည်းချက်များ
- Native ARM64 build မရှိပါ
- 32-bit သာ ရှိသည်
- ထည့်သွင်းရာတွင် Administrator ခွင့် လိုအပ်သည်
- တစ်နှစ်ကျော် အပ်ဒိတ် မထွက်ပါ
အတိုချုပ်: PerlPrimer သည် 32-bit ကွန်ပျူတာများအတွက် ပွင့်လင်းရင်းမြစ် Windows ကိရိယာ ဖြစ်ပါသည်။ အပ်ဒိတ်များ နှေးကွေးလာပါသည်။ စီမံခန့်ခွဲသူများသည် လူမပါဘဲ ဖြန့်ဝေနိုင်ပါသည်။
PerlPrimer ကို ဒေါင်းလုဒ်လုပ်ရန် လုံခြုံပါသလား
- ဖိုင်ကို ထုတ်ဝေသူ၏ ကိုယ်ပိုင်ဒိုမိန်း sourceforge.net မှ ပေးပို့ပါသည်
- ဒေါင်းလုဒ်လင့်ခ်သည် HTTPS ကို အသုံးပြုပါသည်
- SHA256 hash ထုတ်ပြန်ထားသဖြင့် ဖိုင်ကို စစ်ဆေးနိုင်ပါသည်:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· ဤ hash ၏ VirusTotal အစီရင်ခံစာကို ဖွင့်ပါ - နောက်ဆုံးစစ်ဆေးချိန် (၂၀၂၆ အောက်တိုဘာ ၂၂) တွင် လင့်ခ် တုံ့ပြန်ခဲ့ပါသည်
- Source code ကို အများပြည်သူ ကြည့်နိုင်ပါသည်
- ExeAtlas သည် installer များကို မသိမ်းဆည်း၊ မထုပ်ပိုး၊ မပြင်ဆင်ပါ
ဆက်စပ် လမ်းညွှန်: Windows တွင် ဖိုင်၏ SHA256 hash စစ်ဆေးနည်း
မကြာသေးမီ ဗားရှင်းများ
ဗားရှင်း ၁ ခုလုံး ›| ဗားရှင်း | ရက်စွဲ | အရွယ်အစား | ဖိုင်များ |
|---|---|---|---|
| 1.1.21နောက်ဆုံး | ၂၀၁၁ နိုဝင်ဘာ ၂၁ | ၃.၄ MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Command line မှ ထည့်သွင်းခြင်း
အသံတိတ်ထည့်သွင်းခြင်း ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sဆက်စပ် လမ်းညွှန်: winget အသုံးပြုနည်း - ပရိုဂရမ် ထည့်သွင်းခြင်းနှင့် အပ်ဒိတ်
အချက်အလက်
- ထုတ်ဝေသူ
- Owen Marshall
- လိုင်စင်
- GPL-2.0-or-later
- စျေးနှုန်း
- အခမဲ့
- လိုအပ်ချက်
- Windows 11 / 10
- Architecture
- 32-bit
- Installer အမျိုးအစား
- EXE (NSIS)
- ဗားရှင်း
- 1.1.21
- ထုတ်ဝေသည့်နေ့
- ၂၀၁၁ နိုဝင်ဘာ ၂၁
- စာရင်းထဲ ထည့်သည့်နေ့
- ၂၀၂၅ ဩဂုတ် ၂
- စာရင်းရှိ ဗားရှင်းများ
- 1
- ဝဘ်ဆိုက်
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
ဖွင့်နိုင်သော ဖိုင်အမျိုးအစားများ (1)
အဆင့်သတ်မှတ်ချက်နှင့် သုံးသပ်ချက်များ
သုံးသပ်ချက် မရှိသေးပါ။ ပထမဆုံး အဆင့်သတ်မှတ်သူ ဖြစ်လိုက်ပါ။
မေးလေ့ရှိသောမေးခွန်းများ
PerlPrimer သည် အခမဲ့လား
ဟုတ်ပါသည်။ PerlPrimer သည် ပွင့်လင်းရင်းမြစ် ဆော့ဖ်ဝဲ ဖြစ်ပါသည် (GPL-2.0-or-later လိုင်စင်)။
PerlPrimer ကို ဒေါင်းလုဒ်လုပ်ရန် လုံခြုံပါသလား
ဒေါင်းလုဒ်ကို sourceforge.net (ထုတ်ဝေသူပိုင်) မှ ရယူပါသည်။ ExeAtlas သည် ဖိုင်ကို မသိမ်းဆည်း၊ မပြောင်းလဲပါ။ ဖိုင်၏ SHA256 hash ကို ဤနေရာတွင် ပြထားသော hash နှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါ သို့မဟုတ် ထို hash ၏ VirusTotal အစီရင်ခံစာကို ဖွင့်ကြည့်ပါ။
PerlPrimer ကို winget ဖြင့် ဘယ်လို ထည့်သွင်းရမလဲ
PowerShell သို့မဟုတ် Windows Terminal ကို ဖွင့်ပြီး ဤစာမျက်နှာရှိ winget command ကို run ပါ။ winget သည် တရားဝင် installer ကို ဒေါင်းလုဒ်လုပ်ပြီး မ run မီ ၎င်း၏ SHA256 hash ကို စစ်ဆေးပါသည်။
PerlPrimer ကို အသံတိတ် ထည့်သွင်းနိုင်ပါသလား
နိုင်ပါသည်။ အသံတိတ်ထည့်သွင်းခြင်း စာမျက်နှာတွင် installer တစ်ခုစီအတွက် တိကျသော command ကို ပြထားပါသည်။
PerlPrimer သည် ARM (Windows on Arm) တွင် အလုပ်လုပ်ပါသလား
ARM64 build မရှိပါ။ Windows 11 on Arm သည် 32-bit ဗားရှင်းကို emulation ဖြင့် run နိုင်ပါသည်။