PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Descrizione del produttore (inglese)
Cos’è PerlPrimer?
PerlPrimer è un programma open source per Windows di Owen Marshall.
Installazione e requisiti
I file di installazione ufficiali sono disponibili per Windows 32 bit in formato EXE (NSIS). Il file di installazione principale pesa 3,4 MB. L’installazione richiede i diritti di amministratore. L’installer supporta l’installazione automatica, senza richieste all’utente.
Popolarità e tipi di file
Su Windows registra 1 tipo di file, tra cui .ppr.
Pro / Contro
Pro
- Open source: chiunque può esaminare e compilare il codice
- Installazione silenziosa documentata
- Download leggero (3,4 MB)
Contro
- Nessuna versione ARM64 nativa
- Solo 32 bit
- L’installazione richiede i diritti di amministratore
- Nessun aggiornamento da oltre un anno
In breve: PerlPrimer è un programma open source per Windows, per PC 32 bit. Gli aggiornamenti si sono diradati. Gli amministratori di sistema possono distribuirlo senza interazione.
Scaricare PerlPrimer è sicuro?
- Il file è fornito da sourceforge.net, il dominio del produttore
- Il link di download usa HTTPS
- L’hash SHA256 è pubblicato: il file si può verificare:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Apri il rapporto VirusTotal di questo hash - Il link ha risposto all’ultimo controllo (22 ottobre 2026)
- Il codice sorgente è pubblico
- ExeAtlas non ospita, non incapsula e non modifica gli installer
Guida correlata: Come verificare l’hash SHA256 di un file su Windows
Versioni recenti
Tutte le versioni (1) ›| Versione | Data | Dimensione | File |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Ultima | 21 novembre 2011 | 3,4 MB | 32 bit EXE (NSIS) |
Installazione da riga di comando
Installazione silenziosa ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SGuida correlata: Come usare winget: installare e aggiornare app
Informazioni
- Produttore
- Owen Marshall
- Licenza
- GPL-2.0-or-later
- Prezzo
- Gratis
- Requisiti
- Windows 11 / 10
- Architettura
- 32 bit
- Installer
- EXE (NSIS)
- Versione
- 1.1.21
- Data di rilascio
- 21 novembre 2011
- Aggiunto al catalogo
- 2 agosto 2025
- Versioni elencate
- 1
- Sito ufficiale
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Tipi di file supportati (1)
Valutazioni e recensioni
Ancora nessuna recensione.
Domande frequenti
PerlPrimer è gratis?
Sì. PerlPrimer è un software open source con licenza GPL-2.0-or-later.
Scaricare PerlPrimer è sicuro?
Il file viene scaricato da sourceforge.net, un dominio che appartiene al produttore; ExeAtlas non ospita né modifica il file. Si può confrontare il suo hash SHA256 con quello indicato qui oppure aprire il rapporto VirusTotal di quell’hash.
Come si installa PerlPrimer con winget?
Basta aprire PowerShell o Windows Terminal ed eseguire il comando winget riportato in questa pagina. winget scarica l’installer ufficiale e ne verifica l’hash SHA256 prima di avviarlo.
PerlPrimer si può installare in modo silenzioso?
Sì. La pagina dell’installazione silenziosa riporta il comando esatto per ogni installer.
PerlPrimer funziona su ARM (Windows on Arm)?
Non esiste una versione ARM64; Windows 11 su Arm può eseguire la versione 32 bit tramite emulazione.