PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Utgivarens beskrivning (engelska)
Vad är PerlPrimer?
PerlPrimer är ett Windowsprogram med öppen källkod från Owen Marshall.
Installation och systemkrav
Det finns officiella installationsfiler för 32-bitars i formatet EXE (NSIS). Den huvudsakliga installationsfilen är på 3,4 MB. Installationen kräver administratörsbehörighet. Installationsfilen stöder obevakad installation utan frågor (silent install).
Popularitet och filtyper
I Windows registrerar programmet en filtyp, bland annat .ppr.
Fördelar / Nackdelar
Fördelar
- Öppen källkod: vem som helst kan granska och kompilera koden
- Dokumenterad tyst installation
- Liten nedladdning (3,4 MB)
Nackdelar
- Ingen inbyggd ARM64-version
- Bara 32-bitars
- Installationen kräver administratörsbehörighet
- Ingen uppdatering på över ett år
Kort sagt: PerlPrimer är ett verktyg med öppen källkod för Windows för datorer med 32-bitars. Uppdateringarna har blivit glesare. Administratörer kan distribuera det obevakat.
Är det säkert att ladda ner PerlPrimer?
- Filen levereras av sourceforge.net, utgivarens egen domän
- Nedladdningslänken använder HTTPS
- En SHA256-hash är publicerad, så att du kan kontrollera filen:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Öppna VirusTotal-rapporten för den här hashen - Länken svarade vid den senaste kontrollen (22 oktober 2026)
- Källkoden är offentlig
- ExeAtlas varken lagrar, kapslar in eller ändrar installationsfiler
Relaterad guide: Kontrollera en fils SHA256-hash i Windows
Senaste versionerna
Alla 1 versioner ›| Version | Datum | Storlek | Filer |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Senaste | 21 november 2011 | 3,4 MB | 32-bitars EXE (NSIS) |
Installera från kommandoraden
Tyst installation ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SRelaterad guide: Så använder du winget: installera och uppdatera
Information
- Utgivare
- Owen Marshall
- Licens
- GPL-2.0-or-later
- Pris
- Gratis
- Kräver
- Windows 11 / 10
- Arkitektur
- 32-bitars
- Installationsfil
- EXE (NSIS)
- Version
- 1.1.21
- Släppt
- 21 november 2011
- I katalogen sedan
- 2 augusti 2025
- Listade versioner
- 1
- Webbplats
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Filtyper som programmet öppnar (1)
Betyg och recensioner
Inga recensioner än. Bli först med att betygsätta programmet.
Vanliga frågor
Är PerlPrimer gratis?
Ja. PerlPrimer är programvara med öppen källkod under licensen GPL-2.0-or-later.
Är det säkert att ladda ner PerlPrimer?
Filen kommer från sourceforge.net, som tillhör utgivaren; ExeAtlas varken lagrar eller ändrar den. Jämför filens SHA256-hash med den som visas här, eller öppna VirusTotal-rapporten för hashen.
Hur installerar jag PerlPrimer med winget?
Öppna PowerShell eller Windows Terminal och kör winget-kommandot som visas på den här sidan. winget laddar ner den officiella installationsfilen och kontrollerar SHA256-hashen innan den körs.
Går det att installera PerlPrimer tyst?
Ja. Sidan om tyst installation visar det exakta kommandot för varje installationsfil.
Fungerar PerlPrimer på ARM (Windows on Arm)?
Det finns ingen ARM64-version; Windows 11 on Arm kan köra versionen för 32-bitars via emulering.