PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Описание от разработчика (английский)
Что такое PerlPrimer?
PerlPrimer — программа для Windows с открытым исходным кодом. Разработчик — Owen Marshall.
Установка и системные требования
Официальные установщики выпускаются для 32-бит; тип установщика — EXE (NSIS). Размер основного установщика — 3,4 МБ. Для установки нужны права администратора. Установщик поддерживает тихую установку без участия пользователя.
Популярность и типы файлов
В Windows программа регистрирует 1 тип файлов, среди них .ppr.
Плюсы / Минусы
Плюсы
- Открытый исходный код: его можно проверить и собрать самостоятельно
- Документированная тихая установка
- Небольшой установщик (3,4 МБ)
Минусы
- Нет нативной сборки ARM64
- Только 32-битная версия
- Для установки нужны права администратора
- Больше года без обновлений
Коротко: PerlPrimer — программа для Windows с открытым исходным кодом; сборки: 32-бит. Обновления выходят всё реже. Администраторы могут развёртывать её без участия пользователя.
Безопасно ли скачивать программу PerlPrimer?
- Файл загружается с домена разработчика (sourceforge.net)
- Ссылка для скачивания использует HTTPS
- Опубликован хеш SHA256 — файл можно проверить:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Открыть отчёт VirusTotal по этому хешу - При последней проверке ссылка ответила (22 октября 2026 г.)
- Исходный код открыт
- ExeAtlas не хранит, не оборачивает и не изменяет установщики
Инструкция по теме: Как проверить хеш SHA256 файла в Windows
Последние версии
Все версии (1) ›| Версия | Дата | Размер | Файлы |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Последняя | 21 ноября 2011 г. | 3,4 МБ | 32-бит EXE (NSIS) |
Установка из командной строки
Тихая установка ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SИнструкция по теме: Как пользоваться winget: установка и обновление
Информация
- Разработчик
- Owen Marshall
- Лицензия
- GPL-2.0-or-later
- Цена
- Бесплатно
- Требования
- Windows 11 / 10
- Архитектура
- 32-бит
- Установщик
- EXE (NSIS)
- Версия
- 1.1.21
- Дата выхода
- 21 ноября 2011 г.
- Добавлено в каталог
- 2 августа 2025 г.
- Версий в каталоге
- 1
- Сайт
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Какие файлы открывает (1)
Оценки и отзывы
Отзывов пока нет. Оценку можно оставить первым.
Частые вопросы
Программа PerlPrimer бесплатная?
Да. PerlPrimer — программа с открытым исходным кодом (лицензия GPL-2.0-or-later); скачать и использовать её можно бесплатно.
Безопасно ли скачивать программу PerlPrimer?
Файл загружается с sourceforge.net — этот домен принадлежит разработчику; ExeAtlas не хранит и не изменяет файл. Сравните SHA256 скачанного файла с указанным на этой странице или откройте отчёт VirusTotal по этому хешу.
Как установить PerlPrimer через winget?
Откройте PowerShell или Терминал Windows и выполните команду winget с этой страницы. winget скачает официальный установщик и проверит его хеш SHA256 перед запуском.
Можно ли установить PerlPrimer в тихом режиме?
Да. На странице тихой установки приведена точная команда для каждого установщика.
Работает ли PerlPrimer на ARM (Windows on Arm)?
Сборки ARM64 нет; Windows 11 on Arm может запустить версию 32-бит через эмуляцию.