PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Popis od výrobcu (angličtina)
Čo je PerlPrimer?
PerlPrimer je program pre Windows s otvoreným zdrojovým kódom. Výrobca: Owen Marshall.
Inštalácia a systémové požiadavky
Oficiálne inštalátory sú k dispozícii pre 32-bit; typ inštalátora: EXE (NSIS). Hlavný inštalátor má veľkosť 3,4 MB. Inštalácia vyžaduje oprávnenia správcu. Inštalátor podporuje bezobslužnú (tichú) inštaláciu.
Obľúbenosť a typy súborov
Vo Windows program registruje 1 typ súborov, okrem iného .ppr.
Výhody / Nevýhody
Výhody
- Otvorený zdrojový kód: ktokoľvek ho môže skontrolovať a zostaviť
- Zdokumentovaná tichá inštalácia
- Malý inštalátor (3,4 MB)
Nevýhody
- Chýba natívne zostavenie ARM64
- Iba 32-bitová verzia
- Inštalácia vyžaduje oprávnenia správcu
- Viac ako rok bez aktualizácie
V skratke: PerlPrimer je program pre Windows s otvoreným zdrojovým kódom; zostavenia: 32-bit. Aktualizácie vychádzajú čoraz menej často. Správcovia ho môžu nasadiť bezobslužne.
Je stiahnutie programu PerlPrimer bezpečné?
- Súbor sa sťahuje z domény výrobcu (sourceforge.net)
- Odkaz na stiahnutie používa HTTPS
- Hash SHA256 je zverejnený – súbor sa dá overiť:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Otvoriť správu VirusTotal pre tento hash - Pri poslednej kontrole odkaz odpovedal (22. októbra 2026)
- Otvorený zdrojový kód
- ExeAtlas inštalátory neukladá, nebalí ani nemení
Súvisiaci návod: Ako vo Windows overiť hash SHA256 súboru
Posledné verzie
Všetky verzie (1) ›| Verzia | Dátum | Veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Najnovšia | 21. novembra 2011 | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Inštalácia z príkazového riadka
Tichá inštalácia ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SSúvisiaci návod: Ako používať winget: inštalácia a aktualizácia programov
Informácie
- Výrobca
- Owen Marshall
- Licencia
- GPL-2.0-or-later
- Cena
- Zadarmo
- Požiadavky
- Windows 11 / 10
- Architektúra
- 32-bit
- Inštalátor
- EXE (NSIS)
- Verzia
- 1.1.21
- Dátum vydania
- 21. novembra 2011
- Pridané do katalógu
- 2. augusta 2025
- Verzií v katalógu
- 1
- Web
- perlprimer.sourceforge.net
- ID winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Aké súbory otvára (1)
Hodnotenia a recenzie
Zatiaľ žiadne recenzie. Hodnotenie môžete pridať ako prví.
Časté otázky
Je program PerlPrimer zadarmo?
Áno. PerlPrimer je program s otvoreným zdrojovým kódom (licencia GPL-2.0-or-later); stiahnutie aj používanie je zadarmo.
Je stiahnutie programu PerlPrimer bezpečné?
Súbor sa sťahuje z sourceforge.net – táto doména patrí výrobcovi; ExeAtlas súbor neukladá ani nemení. Porovnajte SHA256 stiahnutého súboru s hodnotou na tejto stránke alebo otvorte správu VirusTotal pre tento hash.
Ako nainštalovať PerlPrimer cez winget?
Otvorte PowerShell alebo Windows Terminal a spustite príkaz winget z tejto stránky. winget stiahne oficiálny inštalátor a pred spustením overí jeho hash SHA256.
Dá sa PerlPrimer nainštalovať v tichom režime?
Áno. Stránka tichej inštalácie uvádza presný príkaz pre každý inštalátor.
Funguje PerlPrimer na ARM (Windows on Arm)?
Zostavenie ARM64 neexistuje; Windows 11 on Arm dokáže verziu 32-bit spustiť pomocou emulácie.