PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Opis izdavača (engleski)
Šta je PerlPrimer?
PerlPrimer je program za Windows otvorenog koda. Izdavač je Owen Marshall.
Instalacija i sistemski zahtevi
Zvanični instalacioni fajlovi postoje za 32-bit, u formatu EXE (NSIS). Glavni instalacioni fajl ima 3,4 MB. Za instalaciju su potrebna administratorska prava. Instalacioni fajl podržava tihu instalaciju, bez učešća korisnika.
Popularnost i tipovi fajlova
U Windowsu program registruje 1 tip fajla, među njima .ppr.
Prednosti / Nedostaci
Prednosti
- Otvoreni kod: svako ga može pregledati i sam kompajlirati
- Dokumentovana tiha instalacija
- Mali instalacioni fajl (3,4 MB)
Nedostaci
- Nema izvorne ARM64 verzije
- Samo 32-bitna verzija
- Za instalaciju su potrebna administratorska prava
- Bez ažuriranja više od godinu dana
Ukratko: PerlPrimer je program za Windows otvorenog koda, dostupan za 32-bit. Ažuriranja stižu sve ređe. Administratori ga mogu distribuirati bez učešća korisnika.
Da li je preuzimanje programa PerlPrimer bezbedno?
- Fajl se preuzima sa domena izdavača (sourceforge.net)
- Link za preuzimanje koristi HTTPS
- Objavljen je SHA256 heš, pa se fajl može proveriti:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Otvori VirusTotal izveštaj za ovaj heš - Pri poslednjoj proveri link je odgovorio (22. oktobar 2026.)
- Izvorni kod je javan
- ExeAtlas ne čuva, ne pakuje u omotače i ne menja instalacione fajlove
Povezano uputstvo: Kako proveriti SHA256 heš fajla na Windowsu
Najnovije verzije
Sve verzije (1) ›| Verzija | Datum | Veličina | Fajlovi |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Najnovija | 21. novembar 2011. | 3,4 MB | 32-bit EXE (NSIS) |
Instalacija iz komandne linije
Tiha instalacija ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SPovezano uputstvo: Kako koristiti winget: instalacija i ažuriranje
Informacije
- Izdavač
- Owen Marshall
- Licenca
- GPL-2.0-or-later
- Cena
- Besplatno
- Zahtevi
- Windows 11 / 10
- Arhitektura
- 32-bit
- Instalacioni fajl
- EXE (NSIS)
- Verzija
- 1.1.21
- Objavljeno
- 21. novembar 2011.
- Dodato u katalog
- 2. avgust 2025.
- Broj verzija
- 1
- Veb-sajt
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Koje fajlove otvara (1)
Ocene i recenzije
Još nema recenzija. Ocenu možete ostaviti prvi.
Česta pitanja
Da li je program PerlPrimer besplatan?
Da. PerlPrimer je program otvorenog koda (licenca GPL-2.0-or-later) i može se besplatno preuzeti i koristiti.
Da li je preuzimanje programa PerlPrimer bezbedno?
Fajl se preuzima sa domena sourceforge.net, koji pripada izdavaču; ExeAtlas fajl ne čuva i ne menja. Uporedite SHA256 heš preuzetog fajla sa onim na ovoj stranici ili otvorite VirusTotal izveštaj za taj heš.
Kako instalirati PerlPrimer preko wingeta?
Otvorite PowerShell ili Windows Terminal i pokrenite winget komandu sa ove stranice. winget preuzima zvanični instalacioni fajl i pre pokretanja proverava njegov SHA256 heš.
Može li se PerlPrimer instalirati tiho?
Da. Na stranici o tihoj instalaciji navedena je tačna komanda za svaki instalacioni fajl.
Da li PerlPrimer radi na ARM procesorima (Windows on Arm)?
ARM64 verzija ne postoji; Windows 11 on Arm može da pokrene verziju 32-bit putem emulacije.