PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Descripción del desarrollador (inglés)
¿Qué es PerlPrimer?
PerlPrimer es un programa de código abierto para Windows, publicado por Owen Marshall.
Instalación y requisitos
Hay instaladores oficiales para 32 bits en formato EXE (NSIS). El instalador principal ocupa 3,4 MB. La instalación pide permisos de administrador. El instalador permite una instalación desatendida, sin ventanas ni preguntas.
Popularidad y tipos de archivo
En Windows registra 1 tipo de archivo, entre ellos .ppr.
Ventajas / Inconvenientes
Ventajas
- Código abierto: cualquiera puede revisar y compilar el código
- Instalación silenciosa documentada
- Descarga ligera (3,4 MB)
Inconvenientes
- Sin versión nativa para ARM64
- Solo 32 bits
- La instalación requiere permisos de administrador
- Más de un año sin actualizaciones
En resumen: PerlPrimer es un programa de código abierto para Windows, disponible para equipos de 32 bits. Las actualizaciones se han espaciado. Los administradores de sistemas pueden desplegarlo de forma desatendida.
¿Es seguro descargar PerlPrimer?
- El archivo se sirve desde sourceforge.net, el dominio del propio desarrollador
- El enlace de descarga usa HTTPS
- Hay un hash SHA256 publicado para verificar el archivo:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Abrir el informe de VirusTotal de este hash - El enlace respondió en la última comprobación (22 de octubre de 2026)
- El código fuente es público
- ExeAtlas no aloja, envuelve ni modifica instaladores
Guía relacionada: Cómo comprobar el hash SHA256 de un archivo en Windows
Versiones recientes
Las 1 versiones ›| Versión | Fecha | Tamaño | Archivos |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Última | 21 de noviembre de 2011 | 3,4 MB | 32 bits EXE (NSIS) |
Instalar desde la línea de comandos
Instalación silenciosa ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SGuía relacionada: Cómo usar winget: instalar y actualizar programas
Información
- Desarrollador
- Owen Marshall
- Licencia
- GPL-2.0-or-later
- Precio
- Gratis
- Requisitos
- Windows 11 / 10
- Arquitectura
- 32 bits
- Instalador
- EXE (NSIS)
- Versión
- 1.1.21
- Fecha de publicación
- 21 de noviembre de 2011
- Añadido al catálogo
- 2 de agosto de 2025
- Versiones registradas
- 1
- Sitio web
- perlprimer.sourceforge.net
- ID de winget
- OwenMarshall.PerlPrimer
Tipos de archivo que abre (1)
Valoraciones y opiniones
Todavía no hay opiniones.
Preguntas frecuentes
¿Es gratis PerlPrimer?
Sí. PerlPrimer es software de código abierto con licencia GPL-2.0-or-later.
¿Es seguro descargar PerlPrimer?
La descarga procede de sourceforge.net, un dominio del propio desarrollador. ExeAtlas no aloja ni modifica el archivo. Se puede comparar su hash SHA256 con el que aparece aquí o abrir el informe de VirusTotal de ese hash.
¿Cómo instalar PerlPrimer con winget?
Basta con abrir PowerShell o Terminal Windows y ejecutar el comando winget que figura en esta página. winget descarga el instalador oficial y comprueba su hash SHA256 antes de ejecutarlo.
¿Se puede instalar PerlPrimer en modo silencioso?
Sí. La página de instalación silenciosa recoge el comando exacto para cada instalador.
¿Funciona PerlPrimer en ARM (Windows on Arm)?
No hay versión para ARM64; Windows 11 on Arm puede ejecutar la versión de 32 bits mediante emulación.