PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
Leidėjo aprašymas (anglų)
Kas yra PerlPrimer?
PerlPrimer – atvirojo kodo programa, skirta Windows. Leidėjas – Owen Marshall.
Diegimas ir sistemos reikalavimai
Oficialūs diegimo failai yra skirti 32 bitų sistemoms, formatai: EXE (NSIS). Pagrindinio diegimo failo dydis – 3,4 MB. Diegiant reikia administratoriaus teisių. Diegimo failas palaiko tylųjį diegimą be naudotojo įsikišimo.
Populiarumas ir failų tipai
Sistemoje Windows programa registruoja 1 failų tipą, tarp jų .ppr.
Privalumai / Trūkumai
Privalumai
- Atvirasis kodas: bet kas gali jį peržiūrėti ir sukompiliuoti
- Dokumentuotas tylusis diegimas
- Mažas diegimo failas (3,4 MB)
Trūkumai
- Nėra natūralios ARM64 versijos
- Tik 32 bitų versija
- Diegiant reikia administratoriaus teisių
- Daugiau nei metus neatnaujinta
Trumpai: PerlPrimer – atvirojo kodo programa, skirta Windows, prieinama 32 bitų sistemoms. Atnaujinimai vis retesni. Administratoriai gali ją diegti be naudotojo įsikišimo.
Ar saugu atsisiųsti programą PerlPrimer?
- Failas atsisiunčiamas iš leidėjo domeno (sourceforge.net)
- Atsisiuntimo nuoroda naudoja HTTPS
- Paskelbta SHA256 maišos reikšmė, todėl failą galima patikrinti:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· Atidaryti šios maišos reikšmės VirusTotal ataskaitą - Per paskutinį patikrinimą nuoroda atsakė (2026 m. spalio 22 d.)
- Pirminis kodas viešas
- ExeAtlas diegimo failų nelaiko, neįpakuoja ir nekeičia
Susijusi instrukcija: Kaip patikrinti failo SHA256 maišos reikšmę Windows
Naujausios versijos
Visos versijos (1) ›| Versija | Data | Dydis | Failai |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Naujausia | 2011 m. lapkričio 21 d. | 3,4 MB | 32 bitų EXE (NSIS) |
Diegimas iš komandų eilutės
Tylusis diegimas ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SSusijusi instrukcija: Kaip naudoti winget: programų diegimas ir naujinimas
Informacija
- Leidėjas
- Owen Marshall
- Licencija
- GPL-2.0-or-later
- Kaina
- Nemokama
- Reikalavimai
- Windows 11 / 10
- Architektūra
- 32 bitų
- Diegimo failas
- EXE (NSIS)
- Versija
- 1.1.21
- Išleista
- 2011 m. lapkričio 21 d.
- Įtraukta į katalogą
- 2025 m. rugpjūčio 2 d.
- Versijų skaičius
- 1
- Svetainė
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
Kokius failus atidaro (1)
Įvertinimai ir atsiliepimai
Atsiliepimų dar nėra. Galite įvertinti pirmas.
Dažniausi klausimai
Ar programa PerlPrimer nemokama?
Taip. PerlPrimer – atvirojo kodo programa (licencija GPL-2.0-or-later), kurią galima nemokamai atsisiųsti ir naudoti.
Ar saugu atsisiųsti programą PerlPrimer?
Failas atsisiunčiamas iš domeno sourceforge.net, kuris priklauso leidėjui; ExeAtlas failo nelaiko ir nekeičia. Palyginkite atsisiųsto failo SHA256 maišos reikšmę su nurodyta šiame puslapyje arba atidarykite tos reikšmės VirusTotal ataskaitą.
Kaip įdiegti PerlPrimer su winget?
Atidarykite PowerShell arba Windows Terminal ir paleiskite šiame puslapyje pateiktą winget komandą. winget atsisiunčia oficialų diegimo failą ir prieš paleisdamas patikrina jo SHA256 maišos reikšmę.
Ar PerlPrimer galima įdiegti tyliai?
Taip. Tyliojo diegimo puslapyje pateikta tiksli komanda kiekvienam diegimo failui.
Ar PerlPrimer veikia ARM procesoriuose (Windows on Arm)?
ARM64 versijos nėra; Windows 11 on Arm gali paleisti 32 bitų versiją emuliuodama.