PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
A kiadó leírása (angol)
Mi a PerlPrimer?
PerlPrimer: nyílt forráskódú Windows-program. Kiadó: Owen Marshall.
Telepítés és rendszerigény
Hivatalos telepítő ezekhez az architektúrákhoz érhető el: 32 bites; formátum: EXE (NSIS). A fő telepítő mérete 3,4 MB. A telepítéshez rendszergazdai jog szükséges. A telepítő támogatja a felügyelet nélküli (csendes) telepítést.
Népszerűség és fájltípusok
Windowson 1 fájltípust regisztrál, köztük: .ppr.
Előnyök / Hátrányok
Előnyök
- Nyílt forráskód: bárki átnézheti és lefordíthatja
- Dokumentált csendes telepítés
- Kis letöltési méret (3,4 MB)
Hátrányok
- Nincs natív ARM64-változat
- Csak 32 bites változat
- A telepítéshez rendszergazdai jog kell
- Több mint egy éve nem frissült
Összegzés: PerlPrimer: nyílt forráskódú Windows-eszköz, 32 bites gépekre. A frissítések megritkultak. A rendszergazdák felügyelet nélkül is telepíthetik.
Biztonságos a PerlPrimer letöltése?
- A fájlt a sourceforge.net szolgálja ki, amely a kiadó saját domainje
- A letöltési hivatkozás HTTPS-t használ
- SHA256 ellenőrzőösszeg elérhető, így a fájl ellenőrizhető:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· A VirusTotal-jelentés megnyitása ehhez az ellenőrzőösszeghez - A hivatkozás a legutóbbi ellenőrzéskor válaszolt (2026. október 22.)
- A forráskód nyilvános
- Az ExeAtlas nem tárol, nem csomagol be és nem módosít telepítőket
Kapcsolódó útmutató: Fájl SHA256 kivonatának ellenőrzése Windowson
Legutóbbi verziók
Mind az 1 verzió ›| Verzió | Dátum | Méret | Fájlok |
|---|---|---|---|
| 1.1.21Legújabb | 2011. november 21. | 3,4 MB | 32 bites EXE (NSIS) |
Telepítés parancssorból
Csendes telepítés ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /SKapcsolódó útmutató: A winget használata: programok telepítése, frissítése
Információk
- Kiadó
- Owen Marshall
- Licenc
- GPL-2.0-or-later
- Ár
- Ingyenes
- Rendszerigény
- Windows 11 / 10
- Architektúra
- 32 bites
- Telepítő
- EXE (NSIS)
- Verzió
- 1.1.21
- Megjelenés
- 2011. november 21.
- Katalógusba került
- 2025. augusztus 2.
- Listázott verziók
- 1
- Weboldal
- perlprimer.sourceforge.net
- winget-azonosító
- OwenMarshall.PerlPrimer
Megnyitható fájltípusok (1)
Értékelések és vélemények
Még nincs vélemény. Az első értékelés lehet az Öné.
Gyakori kérdések
Ingyenes a PerlPrimer program?
Igen. A PerlPrimer program nyílt forráskódú szoftver (licenc: GPL-2.0-or-later), ingyenesen letölthető és használható.
Biztonságos a PerlPrimer letöltése?
A fájl a sourceforge.net szerveréről érkezik, amely a kiadóé; az ExeAtlas nem tárolja és nem módosítja. A letöltött fájl SHA256 ellenőrzőösszege összevethető az itt látható értékkel, és megnyitható hozzá a VirusTotal-jelentés is.
Hogyan telepíthető a PerlPrimer program wingettel?
Nyissa meg a PowerShellt vagy a Windows Terminált, és futtassa az ezen az oldalon látható winget parancsot. A winget letölti a hivatalos telepítőt, és futtatás előtt ellenőrzi az SHA256 ellenőrzőösszegét.
Lehetséges a PerlPrimer csendes telepítése?
Igen. A csendes telepítés oldalán minden telepítőhöz megtalálható a pontos parancs.
Fut a PerlPrimer program ARM processzoron (Windows on Arm)?
Nincs ARM64-változat; a Windows 11 on Arm emulációval futtathatja a következő változatot: 32 bites.