PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
คำอธิบายจากผู้เผยแพร่ (อังกฤษ)
PerlPrimer คือโปรแกรมอะไร
PerlPrimer เป็นโปรแกรมโอเพนซอร์สสำหรับ Windows เผยแพร่โดย Owen Marshall
การติดตั้งและความต้องการของระบบ
มีตัวติดตั้งทางการสำหรับ Windows 32 บิต ในรูปแบบ EXE (NSIS) ตัวติดตั้งหลักมีขนาด 3.4 MB การติดตั้งต้องใช้สิทธิ์ผู้ดูแลระบบ ตัวติดตั้งรองรับการติดตั้งแบบเงียบ (silent install) โดยไม่ต้องตอบคำถามใด ๆ
ความนิยมและประเภทไฟล์
บน Windows โปรแกรมนี้ลงทะเบียนไฟล์ไว้ 1 ประเภท เช่น .ppr
ข้อดี / ข้อเสีย
ข้อดี
- โอเพนซอร์ส ใครก็ตรวจสอบและคอมไพล์โค้ดเองได้
- มีเอกสารวิธีติดตั้งแบบเงียบ
- ไฟล์ดาวน์โหลดขนาดเล็ก (3.4 MB)
ข้อเสีย
- ไม่มีเวอร์ชัน ARM64 แบบเนทีฟ
- มีเฉพาะเวอร์ชัน 32 บิต
- การติดตั้งต้องใช้สิทธิ์ผู้ดูแลระบบ
- ไม่มีการอัปเดตมานานกว่าหนึ่งปี
สรุปสั้น ๆ: PerlPrimer เป็นเครื่องมือโอเพนซอร์สสำหรับ Windows สำหรับพีซี 32 บิต การอัปเดตช้าลงแล้ว ผู้ดูแลระบบสามารถติดตั้งแบบอัตโนมัติโดยไม่ต้องมีผู้ใช้โต้ตอบ
ดาวน์โหลด PerlPrimer ปลอดภัยไหม
- ไฟล์ให้บริการจาก sourceforge.net ซึ่งเป็นโดเมนของผู้เผยแพร่เอง
- ลิงก์ดาวน์โหลดใช้ HTTPS
- มีค่าแฮช SHA256 เผยแพร่ไว้ จึงตรวจสอบไฟล์ได้:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· เปิดรายงาน VirusTotal ของค่าแฮชนี้ - ลิงก์ตอบสนองในการตรวจสอบครั้งล่าสุด (22 ตุลาคม 2569)
- ซอร์สโค้ดเปิดเผยต่อสาธารณะ
- ExeAtlas ไม่เก็บ ไม่ห่อหุ้ม และไม่แก้ไขตัวติดตั้ง
คู่มือที่เกี่ยวข้อง: วิธีตรวจค่าแฮช SHA256 ของไฟล์บน Windows
เวอร์ชันล่าสุด
ทั้งหมด 1 เวอร์ชัน ›| เวอร์ชัน | วันที่ | ขนาด | ไฟล์ |
|---|---|---|---|
| 1.1.21ล่าสุด | 21 พฤศจิกายน 2554 | 3.4 MB | 32 บิต EXE (NSIS) |
ติดตั้งผ่านบรรทัดคำสั่ง
ติดตั้งแบบเงียบ ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sคู่มือที่เกี่ยวข้อง: วิธีใช้ winget ติดตั้งและอัปเดตโปรแกรม
ข้อมูล
- ผู้เผยแพร่
- Owen Marshall
- สัญญาอนุญาต
- GPL-2.0-or-later
- ราคา
- ฟรี
- ระบบที่ต้องการ
- Windows 11 / 10
- สถาปัตยกรรม
- 32 บิต
- ตัวติดตั้ง
- EXE (NSIS)
- เวอร์ชัน
- 1.1.21
- วันที่เผยแพร่
- 21 พฤศจิกายน 2554
- เพิ่มเข้าแค็ตตาล็อก
- 2 สิงหาคม 2568
- จำนวนเวอร์ชันในรายการ
- 1
- เว็บไซต์
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
ประเภทไฟล์ที่เปิดได้ (1)
คะแนนและรีวิว
ยังไม่มีรีวิว ร่วมให้คะแนนเป็นคนแรก
คำถามที่พบบ่อย
PerlPrimer ใช้ฟรีไหม
ฟรี PerlPrimer เป็นซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส ภายใต้สัญญาอนุญาต GPL-2.0-or-later
ดาวน์โหลด PerlPrimer ปลอดภัยไหม
ไฟล์ดาวน์โหลดมาจาก sourceforge.net ซึ่งเป็นของผู้เผยแพร่เอง ExeAtlas ไม่ได้เก็บหรือแก้ไขไฟล์นี้ คุณสามารถเทียบค่าแฮช SHA256 ของไฟล์กับค่าที่แสดงในหน้านี้ หรือเปิดรายงาน VirusTotal ของค่าแฮชนั้นได้
ติดตั้ง PerlPrimer ด้วย winget อย่างไร
เปิด PowerShell หรือ Windows Terminal แล้วรันคำสั่ง winget ที่แสดงในหน้านี้ winget จะดาวน์โหลดตัวติดตั้งทางการและตรวจสอบค่าแฮช SHA256 ก่อนเริ่มติดตั้ง
PerlPrimer ติดตั้งแบบเงียบได้ไหม
ได้ หน้าติดตั้งแบบเงียบมีคำสั่งที่ถูกต้องสำหรับตัวติดตั้งแต่ละแบบ
PerlPrimer ใช้บน ARM (Windows on Arm) ได้ไหม
ไม่มีเวอร์ชัน ARM64 แต่ Windows 11 on Arm สามารถรันเวอร์ชัน 32 บิต ผ่านการจำลองได้