PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.
PerlPrimer's current features include the following:
- Calculation of possible primer-dimers
- Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
- Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
- Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
- ORF and CpG island detection algorithms
- Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
- QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry
PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.
PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.
Please cite the reference below if this program is useful.
Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]
გამომცემლის აღწერა (ინგლისური)
რა არის PerlPrimer?
PerlPrimer არის ღია კოდის პროგრამა Windows-ისთვის; გამომცემელი: Owen Marshall.
ინსტალაცია და მოთხოვნები
ოფიციალური საინსტალაციო ფაილები არსებობს Windows-ისთვის: 32-ბიტიანი, ფორმატით EXE (NSIS). მთავარი საინსტალაციო ფაილის ზომაა 3,4 MB. ინსტალაცია ადმინისტრატორის უფლებებს ითხოვს. ინსტალერს შეუძლია კითხვების გარეშე (ჩუმი) ინსტალაცია.
პოპულარობა და ფაილის ტიპები
Windows-ში არეგისტრირებს ფაილის 1 ტიპს, მათ შორის .ppr.
დადებითი მხარეები / უარყოფითი მხარეები
დადებითი მხარეები
- ღია კოდი: ნებისმიერს შეუძლია კოდის შემოწმება და აწყობა
- დოკუმენტირებული ჩუმი ინსტალაცია
- მცირე ზომა (3,4 MB)
უარყოფითი მხარეები
- მშობლიური ARM64 ვერსია არ არის
- მხოლოდ 32-ბიტიანი
- ინსტალაციას ადმინისტრატორის უფლებები სჭირდება
- ერთ წელზე მეტია არ განახლებულა
მოკლედ: PerlPrimer — ღია კოდის Windows ხელსაწყო კომპიუტერებისთვის: 32-ბიტიანი. განახლებები შენელდა. ადმინისტრატორებს შეუძლიათ მისი კითხვების გარეშე გავრცელება.
PerlPrimer: უსაფრთხოა თუ არა ჩამოტვირთვა?
- ფაილი მოდის გამომცემლის საკუთარი დომენიდან (sourceforge.net)
- ჩამოტვირთვის ბმული HTTPS-ს იყენებს
- SHA256 ჰეში გამოქვეყნებულია, ფაილის შემოწმება შეგიძლიათ:
F911658B761F1CA1F09F9A6C11E4540120F7FD7E1A11B328FACD35D03E03E8BB· გახსენით VirusTotal-ის ანგარიში ამ ჰეშისთვის - ბოლო შემოწმებისას ბმულმა უპასუხა (22 ოქტომბერი, 2026)
- წყაროს კოდი ღიაა
- ExeAtlas საინსტალაციო ფაილებს არ ინახავს, არ ფუთავს და არ ცვლის
დაკავშირებული ინსტრუქცია: როგორ შევამოწმოთ ფაილის SHA256 ჰეში Windows-ზე
ბოლო ვერსიები
ყველა ვერსია (1) ›| ვერსია | თარიღი | ზომა | ფაილები |
|---|---|---|---|
| 1.1.21უახლესი | 21 ნოემბერი, 2011 | 3,4 MB | 32-ბიტიანი EXE (NSIS) |
ინსტალაცია ბრძანებათა ხაზიდან
ჩუმი ინსტალაცია ›winget install --id OwenMarshall.PerlPrimer -edownload /Sდაკავშირებული ინსტრუქცია: როგორ გამოვიყენოთ winget: ინსტალაცია და განახლება
ინფორმაცია
- გამომცემელი
- Owen Marshall
- ლიცენზია
- GPL-2.0-or-later
- ფასი
- უფასო
- მოთხოვნები
- Windows 11 / 10
- არქიტექტურა
- 32-ბიტიანი
- ინსტალერის ტიპი
- EXE (NSIS)
- ვერსია
- 1.1.21
- გამოშვების თარიღი
- 21 ნოემბერი, 2011
- დაემატა კატალოგს
- 2 აგვისტო, 2025
- აღრიცხული ვერსიები
- 1
- ოფიციალური საიტი
- perlprimer.sourceforge.net
- winget ID
- OwenMarshall.PerlPrimer
ფაილის ტიპები, რომლებსაც ხსნის (1)
შეფასებები და მიმოხილვები
მიმოხილვები ჯერ არ არის. შეაფასეთ პირველმა.
ხშირად დასმული კითხვები
PerlPrimer უფასოა?
დიახ. PerlPrimer ღია კოდის პროგრამაა (ლიცენზია GPL-2.0-or-later).
PerlPrimer: უსაფრთხოა თუ არა ჩამოტვირთვა?
ფაილი მოდის მისამართიდან sourceforge.net, რომელიც გამომცემელს ეკუთვნის; ExeAtlas ფაილს არ ინახავს და არ ცვლის. შეადარეთ ჩამოტვირთული ფაილის SHA256 ჰეში აქ ნაჩვენებს ან გახსენით VirusTotal-ის ანგარიში ამ ჰეშისთვის.
როგორ დავაინსტალიროთ PerlPrimer winget-ით?
გახსენით PowerShell ან Windows Terminal და გაუშვით ამ გვერდზე ნაჩვენები winget ბრძანება. winget ჩამოტვირთავს ოფიციალურ საინსტალაციო ფაილს და გაშვებამდე ამოწმებს მის SHA256 ჰეშს.
შეიძლება თუ არა PerlPrimer ჩუმად დავაინსტალიროთ?
დიახ. ჩუმი ინსტალაციის გვერდზე თითოეული ინსტალერისთვის ზუსტი ბრძანებაა მოცემული.
მუშაობს თუ არა PerlPrimer ARM-ზე (Windows on Arm)?
ARM64 ვერსია არ არის; Windows 11 on Arm-ს შეუძლია ემულაციით გაუშვას ვერსია: 32-ბიტიანი.