PyMOL（パイモル）はオープンソースの分子グラフィックスツールである。ウォーレン・デラノにより開発され、個人経営のソフトウェア会社であるデラノ・サイエンティフィック (DeLano Scientific LLC) によって商品化された。現在はSchrödinger社によって商品化されている。PyMOLは小さな分子に加えてタンパク質など生体高分子の高品質な3Dイメージを作成でき、科学雑誌の表紙を飾ったPyMOLのタンパク質画像も多く存在している。
構造生物学の分野ではオープンソースで利用できる数少ないソフトウェアのうちの1つである。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因む。
PyMOLはOpenGL Extension Wranglerライブラリ(GLEW（英語版）)やFreeGLUT（英語版）を用いており、またプラグインとしてプログラムソフトウェアAPBSを利用してポアソン＝ボルツマン方程式を解いて、タンパク質表面に電荷分布を表示させることが可能となっている。
2017年9月20日にPyMOL 2.0がリリースされた。GUIがPyQt対応になり、以前のTkやaquaを用いた描画から置き換えられた。またサポートが行われなくなったPython 2からPython 3への以降を行っており、現在のバージョンではPython 3単独で動作するようになっているが、一部の古いプラグインは依然としてPython 2でしか動作しないものも存在する。
2024年3月12日にPyMOL 3.0がリリースされた。GUIが大きく変化し、シーン機能の、レイトレース機能の強化やムービー作成など、描画が改善されている。2024年4月10日にはソースコードも公開された。PyMOL 2のサポートも引き続き行われている。
2006年8月1日にデラノ・サイエンティフィックはコンパイル済みのPyMOL製品（ベータ版を含む）のダウンロードシステムにアクセス制限を設け、長らく最新版のバイナリの配布は有償となっていた。しかし2017年9月のPyMOL 2.0のリリースとともに、Windows, macOS, Linux OSについての最新バージョンのバイナリの公開を再開した。ユーザーは無償でダウンロードして使用することが可能であるが、一部の機能に制限がある。
PyMOLとは
PyMOLは、Schrodinger, Inc.が公開しているプロプライエタリ（クローズドソース）のWindows向けソフトです（カテゴリ：プログラミング言語・SDK）。開発はSchrödingerが手がけています。最初のリリースは2010年です。開発言語はPythonです。Windowsのほか、クロスプラットフォーム向けにも提供されています。
インストールと動作環境
公式インストーラーは64ビット向けにEXE（NSIS）形式で用意されています。メインのインストーラーのサイズは427.9 MBです。インストールには管理者権限が必要です。インストーラーは無人（サイレント）インストールに対応しています。
アップデートとバージョン履歴
最新版は3.1.9で、2026年10月7日にリリースされました。2025年2月5日以降の9件のバージョンを掲載しており、それぞれ公式のインストーラーにリンクしています。更新は年に約5.4回のペースです。最後の更新からまだ1か月たっていません。
人気と対応ファイル形式
当サイトの対応言語のうち15言語でWikipediaに記事があります。Windowsでは11種類のファイル形式に関連付けられます（.pdb、.xyz、.cif、.mol、.sdfなど）。似たソフトにはGo Programming Language、LLVM、Denoなどがあります。
メリット / デメリット
メリット
- サイレントインストールの方法が公開されている
- 直近2か月以内に更新されている
- クロスプラットフォームでも動作する
- 長く続いているプロジェクト（2010年から）
デメリット
- プロプライエタリなライセンスのため、利用条件と価格の確認が必要
- ネイティブのARM64版がない
- インストールに管理者権限が必要
- ダウンロードサイズが大きい（427.9 MB）
まとめ: PyMOLは、「プログラミング言語・SDK」に分類されるWindowsソフトです。64ビットのPCで使えます。継続的に更新されています。管理者は無人インストールで一括配布できます。
PyMOLのダウンロードは安全ですか？
- ファイルはstorage.googleapis.comから配信されています。提供元の公式ミラーかどうかを確認してください
- ダウンロードリンクはHTTPSを使用しています
- SHA256ハッシュが公開されているため、ファイルを検証できます:
C36FE9B4DFF44E286F72A3119DBB362BD97C892ECD9DB2E14408ECB74F325442· このハッシュのVirusTotalレポートを開く - 前回の確認（2026年10月27日）でリンクは応答しました
- ExeAtlasはインストーラーのホスト、ラップ、改変を行っていません
関連ガイド: SHA256ハッシュの確認方法（Windows）
最近のバージョン
全9バージョン ›2年間で9バージョン・年に約5.4回
| バージョン | 日付 | サイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| 3.1.9最新 | 2026年10月7日 | 427.9 MB | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.8 | 2026年3月18日 | 385.3 MB | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.7.2 | 2026年3月4日 | — | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.6.1 | 2025年6月9日 | — | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.6 | 2025年6月6日 | — | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.5.1 | 2025年5月8日 | — | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.4.1 | 2025年3月26日 | — | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
| 3.1.4 | 2025年3月14日 | — | 64ビット EXE（NSIS）64ビット EXE（NSIS） |
コマンドラインでインストール
サイレントインストール ›winget install --id Schrodinger.PyMOL -ePyMOL-3.1.9-Windows-x86_64.exe /S関連ガイド: wingetの使い方：アプリのインストールと更新
ほかのOS向け
brew install pymol情報
- 提供元
- Schrodinger, Inc.
- 開発元
- Schrödinger
- カテゴリ
- プログラミング言語・SDK
- ライセンス
- Proprietary
- 価格
- 提供元のサイトで確認
- 開発言語
- Python
- 動作環境
- Windows 11 / 10
- アーキテクチャ
- 64ビット
- インストーラー
- EXE（NSIS）
- ほかのプラットフォーム
- クロスプラットフォーム
- バージョン
- 3.1.9
- リリース日
- 2026年10月7日
- 初回リリース
- 2010
- カタログ追加日
- 2025年2月6日
- 掲載バージョン数
- 9
- 年間更新回数
- 5.4
- 公式サイト
- pymol.org
- winget ID
- Schrodinger.PyMOL
対応ファイル形式 (11)
評価とレビュー
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PyMOLの代替ソフト
すべて表示 ›-
オープンソース210.9万 ↓ -
オープンソース283.4万 ↓ -
オープンソース25万 ↓ -
オープンソース369.7万 ↓ -
オープンソース185.8万 ↓ -
オープンソース222.5万 ↓ -
オープンソース13.2万 ↓ -
オープンソース26.4万 ↓
よくある質問
PyMOLは無料ですか？
PyMOLはプロプライエタリ（クローズドソース）のソフトです（ライセンス：Proprietary）。有料かどうかはエディションによって異なるため、価格や無料プランは提供元のサイトで確認してください。
PyMOLのダウンロードは安全ですか？
ファイルはstorage.googleapis.comから配信されます。ExeAtlasはファイルをホストしておらず、改変もしていません。ダウンロードしたファイルのSHA256をこのページに記載の値と照合するか、そのハッシュのVirusTotalレポートを確認してください。
PyMOLをwingetでインストールするには？
PowerShellかWindowsターミナルを開き、このページに記載のwingetコマンドを実行します。wingetは公式インストーラーをダウンロードし、実行前にSHA256ハッシュを検証します。
PyMOLはサイレントインストールできますか？
はい。サイレントインストールのページに、インストーラーごとのコマンドを掲載しています。
PyMOLはARM版Windows（Windows on Arm）で動きますか？
ARM64版はありません。Windows 11 on Armでは、エミュレーションによって64ビット版を実行できます。
PyMOLの旧バージョンはどこでダウンロードできますか？
バージョン一覧のページに、2025年2月5日以降の全9件のバージョンを公式インストーラーへのリンク付きで掲載しています。
PyMOLは管理者権限なしで使えますか？
はい。管理者権限のいらないユーザー単位のインストーラーがあります。
PyMOLの代わりになるソフトは？
Go Programming Language、LLVM、Deno、CMake、Yarnなどがあります。代替ソフトのページで比較できます。
